Из гербария: Как сделать гербарий своими руками, мастер-класс: делаем гербарий

«Обширная история происхождения, развития и будущего гербариев и их роли в уничтожении растений. — Американский садовник

«Одна из самых красивых книг сезона… прекрасная книга для журнального столика, а также серьезный труд по истории научных достижений». — Регистр долины Напа

«Поучительная дань уважения таинственному миру Гербарии, который тщательно исследован, хорошо организован и, прежде всего, доступен». —Иллюстрированные сады

«Этот иллюстрированный отчет о титанических усилиях ранних ботаников в этой области увлекателен и поучителен. — Английский сад

«По своей сути Гербарий — убедительное напоминание об одном из лучших побуждений человечества: спасать вещи — не только для себя, но и для потомков… Замечательная книга о веках, на века «. — Общество местных растений Невады

« Гербарий i наверняка очарует любого, кто когда-либо пользовался цветочным прессом или хотел узнать больше о классификации растений, с помощью старинных гравюр и ксилографии древних растений. » — The Free Press

« Бесценно для любой личной библиотеки по истории растений и их будущему. Это красиво сделано ». —The Financial Times

«Садовникам, интересующимся историей, понравится Herbarium ». — Садоводство

«Тщательно исследованная и написанная в удобочитаемом стиле … эта журнальная книга щедро иллюстрирована гербариями, людьми, местами и картами. Это одна из тех великолепных книг, в которых можно легко потерять часы. чтение и перечитывание. —RHS Сад

«Отличная книга по истории гербариев… читатели, интересующиеся биографиями и историей, найдут эту замечательную книгу для чтения и добавления в свою библиотечную коллекцию». — Культивировать до пластины

Барбара М. Тирс — директор Гербария Уильяма и Линды Стир в ботаническом саду Нью-Йорка, президент Общества сохранения коллекций естествознания и вице-президент Альянса коллекций естествознания.

HERBIER: Make a Plant Herbarium

Образцы прикрепляются к белому картону 29 x 42 см (A3, таблоид или формат 11 x 17) с помощью клея из льняной ленты архивного качества. Этикетка находится в правом нижнем углу.

Травянистые и древесные растения

• Разложите листья образца так, чтобы были видны обе стороны.

• Сложите длинные образцы в форме V или Z, чтобы они поместились на стандартном гербарном картоне (29 × 42 см).Очень большие образцы можно разложить на двух отдельных листах и ​​скрепить скобами.

Морские водоросли и водные растения

• Собирать образцы в полиэтиленовые пакеты
• Растение над погруженным листом бумаги или картона в таз, наполненный чистой водой. Осторожно разложите образец перед тем, как вынуть лист из воды. Выйдя из воды, накройте растение и влажный лист бумаги вощеной бумагой и просушите в обычном прессе (вощеная бумага помогает избежать прилипания растения к газете в прессе).

Папоротники

• Разложите образец в естественном положении. Обязательно показывайте обе стороны листьев, особенно нижнюю сторону плодородных листьев.

Лишайники и мохообразные

• Оставьте образцы сушиться на воздухе в коричневых бумажных мешках на столе или на решетчатых стеллажах над источником тепла

Грибы

• Оставьте образцы сушиться на воздухе в коричневые бумажные пакеты

В полевых условиях оставьте печатную машину на ярком солнце или на багажной полке автомобиля, выровняв гофрированную канавку, чтобы обеспечить максимальный поток воздуха через пресс.

В лаборатории используйте слабый источник тепла, например две лампы мощностью 60 Вт в сушилке для растений. Пресс построен из гофрированного картона и пенопласта (т. Е. Картон-пенопласт в газетно-картонный картон). Закрепите компресс между двумя деревянными досками и закрепите ремнями. Сушка может длиться до 48 часов.

Мясистым растениям, водорослям и водным растениям требуется больше времени для высыхания. Ежедневное вращение пресса над сушилкой должно способствовать более равномерной сушке. После высыхания выньте образцы из пресса и храните в сухом месте, вдали от прямого света и насекомых-хищников.Быстрая и эффективная сушка поможет сохранить первоначальную окраску растений. Однако предпочтительно избегать перегрева образца. Не превышайте температуру, эквивалентную температуре двух лампочек мощностью 60 Вт.

3. Примечания

Следующая информация, записанная в поле в записной книжке, позже поможет сделать этикетку для гербарного образца.

Номер коллекции

• Дайте уникальный порядковый номер каждой взятой пробе.

Дата

Название завода

• Название завода, если известно, или временное название для последующей идентификации

Местоположение

• Опишите местоположение, начиная с более широкой территории (округа, муниципалитета) и затем с более конкретное описание места сбора (название дороги, река), обращая внимание на любой важный элемент, который позволил бы легко найти точное место, где была взята проба.

• Отметьте высоту и точные географические координаты, если имеется GPS-навигатор.

Место обитания

• Опишите экологию места сбора: березово-бальзамический пихтовый лес, торфяник, луга, луг, поле.

• Обилие собранных видов

• Общительность вида: колония или изолированные особи, количество особей в колонии, список растений-компаньонов

• Физическая среда и описание почвы: влажность, тип золя, уклон , дренаж, экспозиция и т. д.

• Персонажи, которые исчезнут после высыхания: размер, рост, высота растения (для деревьев и кустарников), цвет цветка

• Эскизы и фотографии растения или среды обитания, которые могут помочь дополните информацию позже.

Сборщик (и)

• Имя человека (лиц), которые собрали образец

4. Этикетка для гербария
Этикетка должна быть напечатана на бескислотной бумаге и содержать следующую информацию.

• Страна, провинция или географический регион (Канада, Квебек, заповедник дикой природы Лаурентидс)

• Идентификация: латинское название вида с указанием авторитетных источников для каждого таксономического ранга (например, E pilobium ciliatum Rafinesque subsp. watsonii (Barbey) Hoch & P.H. Raven)

• Точное местоположение: Опишите местоположение от обширной области до точного местоположения площадки, включая высоту и координаты.

• Среда обитания: Опишите экологическое и физическое окружение участка, а также тип почвы.

• Идентификатор (а) наименование (Дет.)

Виртуальный тур по типичному образцу из гербария — Гербарий штата Висконсин — UW-Madison

Штрих-код : уникальный код применяется к каждому образцу, внесенному в центральную базу данных WIS.В этом случае «v» означает, что образец является сосудистым растением, а WIS — официальная аббревиатура нашего гербария. Никакие два образца нигде в мире не будут иметь одинаковый штрих-код, что сводит к минимуму путаницу и делает поиск этого образца намного проще, чем это было бы в прошлом.

Цветовая карта : Поскольку многие физические образцы Гербария были оцифрованы (сфотографированы с помощью цифровой камеры) и будут просмотрены в Интернете, важно, чтобы каждое изображение образца содержало стандартизированную цветовую карту.Карточка не крепится к физическому образцу, а просто кладется на образец, когда он фотографируется. Различные компьютерные мониторы, программное обеспечение и веб-браузеры по-разному отображают цвета. Цветную карту можно использовать для калибровки монитора компьютера или настройки цвета, если изображение образца распечатано.

Прессованный образец : Конечно, главный объект на листе гербарного образца — это сам прессованный образец растения. Их собирают в поле, прессуют в стандартном прессе для гербариев (обычно между газетами), сушат при низкой температуре, затем аккуратно укладывают и приклеивают к толстому листу бескислотной бумаги. В некоторых случаях образцы могут быть даже пришиты к листу иглой и ниткой. Монтаж растений — это само по себе искусство, и хорошему монтажнику растений требуется немного больше времени и усилий, чтобы расположить образец так, чтобы были видны верх и низ листьев, образец не скапливался на листе, но оставлял достаточно свободного места для дополнительные элементы, которые также необходимо установить с образцом.

Линейка : Все цифровые изображения гербарных образцов должны иметь стандартную линейку или масштабную линейку, добавленную к изображению.Они не являются частью физического образца. Ученые, загружающие изображение образца, используют линейку для калибровки своего собственного программного обеспечения для проведения измерений или используют линейку в качестве шкалы, чтобы увеличить изображение образца до его действительного размера.

Рукописные примечания : В большинстве случаев современные этикетки с образцами напечатаны и указывают на первоначальную идентификацию образца. Здесь мы видим, что растение было сначала идентифицировано как Dryopteris colombiana .Однако ученые, которые исследуют образец позже, могут «пометить» образец другим видовым названием. Причины для этого разные. В этом примере ботаник изменил имя на образце на Thelypteris oligoarpa , а также указал, что образец является изотипом Dryopteris colombiana. Он или она сделал это, написав прямо на листе гербария, практика, которая не рекомендуется, но не редкость. Интерпретация старого рукописного текста может стать проблемой для современного хранителя гербария!

Наклейка с типизированной аннотацией : предпочтительный метод аннотирования образца (т.д., обновление информации на листе) — приклеить к образцу небольшую бумажную этикетку. В случае повреждения образца и необходимости ремонта эту этикетку можно удалить и добавить на новый лист. В этом случае мы видим, что изотипический статус образца был проверен М.А. Веттером в сентябре 2008 года.

Гербарий штамп : Большинство гербариев маркируют образцы в своей коллекции названием или логотипом гербария. WIS использует университетского талисмана Баки Бэджера.Если этот образец когда-либо будет передан во временное пользование другому гербарию, он с большей вероятностью будет возвращен в WIS, потому что марка идентифицирует его владельца.

Номерная этикетка : Это не обычная практика, но некоторые коллекционеры добавляют этикетку к своим пронумерованным коллекциям. На основании этого листка бумаги и напечатанной этикетки образца мы делаем вывод, что этот образец имеет номер 998 в наборе, собранном Гербертом М. Смитом.

Этикетка для образца : Помимо самого образца, этикетка является следующей наиболее важной частью гербарного листа.Здесь сборщик должен предоставить как можно больше информации о том, кто собрал образец, какой номер был присвоен этой коллекции, где он был собран и когда, краткое описание растения, среды обитания, GPS-координаты, других растений, высаженных в близость и т. д. Приведенный здесь пример является этикеткой довольно плохого качества, поскольку предоставляет лишь минимальную информацию. Однако коллекционер сообщил нам по крайней мере самые важные факты об этом экземпляре: это номер 998 из серии, идентифицированной как Dryopteris colombiana и собранной Гербертом М.Смит в экспедиции в Санта-Марту, Колумбия, между 1898-1901 гг.

Сушка установки

Как сделать образец с помощью сушильного коврика

1 Поместите один образец в газету на один сушильный мат, затем поместите другой сушильный мат поверх образца и, наконец, поместите другой образец поверх сушильного коврика. Повторите процесс.

2 Поместив растения и газету между сушильными ковриками, закрепите упаковку резиновыми лентами (сверху и снизу).

• Сушильный мат может не сушить твердые ветки или другие подобные материалы.

• Вы ​​можете уложить образцы и сушильные маты до 3 комплектов сушильных матов (всего 18 матов).
• Убедитесь, что растение полностью помещено в сушильный мат.
• Не оставляйте сушильные маты на открытом воздухе надолго. Коврики для сушки быстро впитывают влагу из окружающего воздуха. Коврики для сушки, которые не использовались в течение длительного времени, теряют свои влагопоглощающие свойства.
• Быстро вынимайте сушильный коврик из пакета.(Вы должны иметь возможность поместить растения в газету и между сушильными ковриками, а затем положить коврики в полиэтиленовый пакет в течение 15 минут.)

3 Поместите упаковку в один пластиковый пакет. Выпустите воздух из мешка и одновременно сложите неиспользованную часть.

4 Поместите этот пакет в другой пластиковый пакет, выпустите воздух из этого пакета и одновременно сложите неиспользованную часть.

5 Потяните липучку на пневматическом прижиме.Раздвиньте воздушный карман и поместите доску для пресса на платформу для пресса.

6 Поместите упаковку сушильного мата в пластиковый пакет (4) на прессовальный картон и положите прессовальный картон на упаковку.

7 Сложите воздушный карман на упаковке и застегните липучку.

8 Вставьте сопло воздушного насоса во входное отверстие (белый колпачок) воздушного кармана.

9 Подайте воздух в воздушный карман пневматического прижима с помощью вакуумного воздушного насоса.Это оказывает давление на всю упаковку. (Когда платформа пресса начинает деформироваться, прекратите нагнетание воздуха.)

Впрыск слишком большого количества воздуха может привести к разрыву воздушного кармана.

* Если вы не используете пневматический прижим, поместите прессовую доску на и под упаковкой (сушильные маты в двух пластиковых пакетах) и поместите груз (около 11 фунтов или 5 кг) на верхнюю прессовую доску. (Убедитесь, что вы прилагаете вес равномерно, чтобы давление оказывалось на всю упаковку.)

10 Через 4 или 5 дней удалите воздух из выпускного отверстия (красный колпачок) пневматического прижима и выньте упаковку. Выньте коврики для сушки из полиэтиленовых пакетов и проверьте, сухие ли растения. Если они не засохли, поместите растения (газету) в «высушенные» маты для сушки. Еще через несколько дней растения должны высохнуть.

Как прессовать растения и собирать гербарные сборы / RHS Садоводство Blo

Следующие шаги предназначены для помощи в сборе и прессовании гербарных образцов.Эти рекомендации помогут создать полезные и долговечные гербарные образцы. Если вы хотите приготовить собственные образцы гербария, вот часть оборудования, которое вам понадобится, и некоторые поставщики.

1. Сбор: Выберите типичное растение и, если возможно, два или три дополнительных цветка для дополнения образца и для вскрытия. Убедитесь, что растение здоровое, и собирайте листья и цветы среднего размера, типичные для растения, а не самые большие. Удалите с материала почву. Сфотографируйте растение и сделайте снимок крупным планом.Избегайте сбора материала в сырую погоду. 2. Описание: При сборе прикрепите этикетку к записи образца: название растения, дата сбора, сборщик, место сбора и первоначальный источник растения. Обратите внимание на другие детали, которые могут быть потеряны при нажатии: общий размер, внешний вид и форма, запах листьев или цветов. Запишите цвет свежего растения, используя таблицу цветов RHS. 3. Прессование: используйте пресс, сделанный из пары древесноволокнистых или фанерных досок, обрезанных до того же размера, что и сушильная бумага. Положите гофрированный картон на одну доску, затем положите поверх нее два листа промокательной бумаги.Разложите растительный материал на промокательной бумаге, сохранив характер растения. Удалите листья и цветы с перегруженных экземпляров, чтобы уменьшить массу без потери характера растения. 4. Нажатие: накройте образец двумя дополнительными листами промокательной бумаги и гофрированной картой. Как для объемных, так и для мясистых образцов добавьте лист пенопласта между промокательной бумагой и гофрированной картой. Любая впитывающая ткань может быть полезной для отвода влаги; если вы используете, поместите его поверх растительного материала, поместив тонкий лист бумаги между растительным материалом и тканью, чтобы предотвратить прилипание.5. Прижимание: после того, как все образцы будут разложены, накройте их верхней доской и положите сверху кирпичи или тяжелые предметы, равномерно надавливая на них, или используйте ремни, чтобы плотно прижать. Переместитесь в теплое место, например, в сушильный шкаф, сушильный шкаф или в сухую комнату над батареей отопления. 6. Нажатие. Осмотрите материал через 24 часа, заменив гофрированный картон и верхний слой промокательной бумаги на сухой картон. Это ваш последний шанс переставить образец, пока растительный материал еще влажный и податливый.Осматривайте регулярно — не реже одного раза в неделю. В зависимости от прессуемого растения и условий сушки сухой образец будет готов через два дня или три недели.

7. Монтаж: Гербарий RHS использует бескислотную бумагу размером 419 x 266 мм (16,5 x 11 дюймов). Бумаги хорошего качества формата А4, желательно бескислотной, достаточно для нужд домашнего гербария, но если однажды вы можете пожертвовать свой образец, подумайте о преимуществах большего формата. 8. Монтаж: прикрепите образец к бумаге, используя комбинацию клея ПВА с нейтральным pH и клейкой льняной ленты для подвешивания.Этикетка должна включать название растения и автора, семейство растений, описание, местонахождение, дату, коллекционера и любые другие соответствующие детали. Этикетка должна быть размещена в правом нижнем углу. 9. Хранение и консервация: Поместите подготовленный образец в герметичный пластиковый пакет и заморозьте на 72 часа. В идеале температура должна составлять -32 ° C (-26 ° F), хотя в большинстве бытовых морозильников минимальная температура составляет -18 ° C (0 ° F). Замораживание — единственный метод борьбы с вредителями. Самый распространенный вредитель гербарного экземпляра — бисквитный жук Stegobium paniceum. Рекомендуется регулярное замораживание (каждые шесть месяцев), а также регулярный осмотр на предмет заражения и повреждений.

(PDF) ПОДГОТОВКА ОБРАЗЦОВ ГЕРБАРИЯ ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ РАСТЕНИЙ И НОМЕР ВАУЧЕРА

Номер ». Каждому гербарию в Указателе присвоен официальный код, который используется в качестве стандартной ссылки для цитирования

. Он состоит из кода гербария, учреждения, города, штата, сотрудника, корреспондента

и специальности исследования. Данные хранятся и доступны в New York Botanical

Garden Herbarium по адресу http: // sweetgum.nybg.org/science/ih/ (Thiers, 2016)

С появлением информационных технологий теперь используются новые методы для гербариев

, включая микрогербарии в виде фотографий и электронные гербарии в виде

оцифрованных баз данных. Ваучерный гербарный образец представляет собой прессованный образец растения, депонированный для будущего использования в качестве справочного материала

, и он будет подтверждать идентичность конкретного растения, использованного в исследовании. Это должно быть

, сданное на хранение в признанный гербарий, индексируемый в «Index Herbariorum».В гербариях также хранятся ваучерные материалы

, такие как семена, срезы древесины, пыльца, микропрепараты, консервированные цветы, фрукты

и т. Д. В гербариях хранятся все категории растений, указанные в Международном кодексе номенклатуры

водорослей, грибов и растений. (ICN) (McNeill et al, 2012; Anonymous, 1996). Хотя гербарий

и подготовка образцов в основном относятся к семенным растениям, существуют специальные методы

, применяемые к водорослям, грибам и растениям (Anonymous, 1996).Эти образцы находятся в жидкой консервации

для несосудистых растений, мохообразных и т. Д. (Anonymous, 1996). Как мы, возможно, знаем, что

, сейчас мы извлекаем биоактивные соединения из этих организмов, и несколько международных журналов и периодических изданий

настаивают на выдаче ваучерного номера образца для образцов.

В последнее время практикуется, что ваучерный образец должен быть депонирован в признанном гербарии

, предназначенном для долгосрочного обслуживания. Он начался с обмена знаниями между

этническими группами по устной традиции, а затем в документальной форме. Сохранение гербариев идентифицированных

и проверенных растений для будущей переписки играет важную роль в этом отношении, и в нем

заявлены различные вспомогательные аспекты гербария для фитомедицинских исследований (Funk, 2003; Neisbitt,

2014; Ahmed and Hasan, 2016). Также ваучеры имеют решающее значение для аутентификации таксономии

организма, как инструмент для определения местонахождения таксона, а также для дополнительных таксономических, генетических,

экологических и / или экологических исследований (Eisenman et al., 2012). Хотя сотрудничество

между ботаниками и химиками чрезвычайно важно для первоначального сбора и идентификации

растительных материалов, существует также необходимость в документации на более поздних этапах исследования

, например, при подготовке к публикациям. Ботаникам, сотрудничающим с химиками, необходимо

информировать и обучать коллег о надлежащих методах получения купонов и предоставлять подробную информацию о купонах

во всех публикациях. Изготовление ваучеров чрезвычайно важно, но предоставление

информации о том, где хранятся ваучеры, также имеет решающее значение. Информация о ваучере

все чаще требуется во многих журналах, публикующих статьи по исследованиям в области химии растений

.

Поскольку идентификационный номер и номер образца ваучера важны в наши дни для исследований, как

, а также для публикаций, таких как натуральные продукты растений, фармацевтические науки, лекарственная ботаника

и связанные предметы (ВОЗ, 1998; Hildreth et al, 2007) , информацию о подготовке гербарных образцов

для идентификации растений и номер образца ваучера мы будем предоставлять

полезную информацию по этим аспектам.

Подготовка гербарных образцов:

Подготовка образцов осуществлялась методами, указанными в Lawrence (1967),

Jones and Luchinger (1987), Anonymous (1996) и Manilal and Kumar (1998)

i) Сбор : Образцы материала (растения), которые вас интересуют, должны быть собраны как

целиком (если это травы) или как часть растения вместе с цветами и плодами / плодолистиками (Рисунки 1–6).

Перед тем, как положить образцы в мешок для сбора, необходимо тщательно удалить всех насекомых,

паутинки и инородные тела, прилипшие к образцам.Затем образцы помещали в промокательную бумагу размером 42 см

x 29 см (16 ½ «x 11 ½»). Если образец растения больше, чем образец промокательной бумаги

, они могут быть установлены в форме V, N или M, чтобы вместить весь растительный материал размером

выше. Также листья установлены в дорсивентральном положении. Половинный размер обычной газеты

может подойти под этот размер и экономично! Поместите смонтированные образцы между картонами / деревянными рамами

(рис. 7–9).

Австралийский национальный гербарий (HC) — Центр исследований биоразнообразия растений

Австралийский национальный гербарий (Программа HC)

Образцы гербария и связанные с ними данные составляют основу гербария. Образцы цветущих растений и папоротников обычно прессуют, сушат и помещают на листы легкого картона размером около 30 см на 45 см. Криптогамы (мхи, лишайники и т. Д., См. Ниже) обычно хранятся в сложенных бумажных конвертах.Особо хрупкий и нежный растительный материал (например, цветы орхидеи) обычно хранится в запечатанных банках, наполненных спиртом, образуя «спиртовую» коллекцию. Объемный материал (например, кокосовые плоды) отделяют от более плоского материала и хранят в так называемом сборнике «негабаритных» или «отдельно от фруктов». Образцы обычно хранятся в горизонтальном положении на передвижных стеллажах, называемых «компактус». Гербарии с блоками compactus имеют то преимущество, что экономят место для хранения, а в закрытом состоянии обеспечивают защиту коллекции от стихийных бедствий (например,грамм. повреждение спринклерного пожаротушения).

Гербарные коллекции хранятся в архивных условиях, и в настоящее время используются только те материалы, которые прослужили сотни лет. Более старые образцы, обычно на плохом материале, часто приходится повторно вставлять на архивную карту с долговечными материалами. Сушеные образцы растений, хранящиеся в хороших условиях окружающей среды, прослужат много веков. В Австралийском национальном гербарии хранятся исторические образцы, собранные Джозефом Бэнксом во время путешествия капитана Кука в Австралию в 1770 году.

Исследуйте типичный образец гербария.

Карпологический (плодовый) материал

Карпологический материал для каждой семьи хранится в ящиках для гербарных образцов на верхней полке компактуса выше, где начинается соответствующая семья. Передняя часть коробки помечена фамилией и надписью «FRUIT SEPARATE». У каждого образца есть копия этикетки образца, вложенная в пакет с ним. Карпологический материал для этих таксонов рассортирован по родам и отмечен на рамке.

Образцы Cryptogam

Образцы Cryptogam (мхи, лишайники, печеночники, грибы) хранятся в разных частях Гербария в разных папках. Большинство из них хранится в ящиках, напоминающих ящики для каталожных карточек в библиотеке, на одном листе формата А4, сложенном в «конверт», или в коробке такого же размера, как образец лишайника справа. (см. Сборник Cryptogam)

Коллекция Spirit

Для некоторых групп растений форма цветочной структуры важна для их идентификации и классификации, и для этих групп цветы часто маринуют и хранят в небольших бутылках или аналогичных контейнерах.Орхидеи — это пример группы, в которой маринованные экземпляры имеют большое значение. Сохранившиеся таким образом образцы теряют окраску. Они размещаются в отдельном помещении со специальной противопожарной защитой.

Раствор, в котором хранятся образцы, в основном состоит из 70% этанола или Bangmix, который состоит из 70% этанола, 20% воды и 10% глицерина. Небольшая часть старых бутылок CSIRO содержит FAA (формальдегид, промышленный метилированный спирт и уксусную кислоту). Эта жидкость токсична и вызывает коррозию, требует осторожного обращения и в помещении с соответствующей вентиляцией, например.грамм. вытяжной шкаф.

Типовые образцы

Типовые образцы — одна группа образцов, которые особенно важны для гербария. Типовые образцы — это образцы, назначенные ботаником, описывающим новое растение как эталон или стандарт для названия, данного растению. Типовой образец назначается для вида или подвида во время первого описания растения. Существует ряд различных «типов» с разными названиями в зависимости от их статуса, например, «лектотип» — это тот, который назначается ботаником, если первоначального «голотипного» экземпляра больше не существует.

Оригинальные образцы шрифтов помещены в красные и белые папки и хранятся отдельно от основной коллекции в Типовой комнате.

Австралийский национальный гербарий насчитывает более 8000 типовых образцов, что делает его богатым ресурсом для исследований по классификации растений.

CITYCELEBRITY :: Произошла ошибка.

System.NullReferenceException: Ссылка на объект не указывает на экземпляр объекта.
   в ASP.bitrix_components_citycelebrity_search_page_templates__default_template_ascx.__Render__control1(HtmlTextWriter __w, Control parameterContainer) в c:\wwwroot\citycelebrity.ru\bitrix\components\citycelebrity\search.page\templates\.default\template.ascx:строка 585
   в System.Web.UI.Control.RenderChildrenInternal(HtmlTextWriter writer, ICollection children)
   в Bitrix.UI.BXComponentTemplate.Render(HtmlTextWriter writer)
   в Galssoft.CityCelebrity.UI.SearchPageDefaultTemplate.Render(HtmlTextWriter writer) в c:\wwwroot\citycelebrity.ru\bitrix\components\citycelebrity\search.page\templates\.default\template.ascx.cs:строка 157
   в System.Web.UI.Control.RenderControlInternal(HtmlTextWriter writer, ControlAdapter adapter)
   в System.Web.UI.Control.RenderChildrenInternal(HtmlTextWriter writer, ICollection children)
   в System.Web.UI.Control.RenderControlInternal(HtmlTextWriter writer, ControlAdapter adapter)
   в Bitrix.UI.BXComponent.Render(HtmlTextWriter writer)
   в System.Web.UI.Control.RenderControlInternal(HtmlTextWriter writer, ControlAdapter adapter)
   в System.Web.UI.Control.RenderChildrenInternal(HtmlTextWriter writer, ICollection children)
   в Bitrix.UI.IncludeComponent.Render(HtmlTextWriter writer)
   в System.Web.UI.Control.RenderControlInternal(HtmlTextWriter writer, ControlAdapter adapter)
   в System.Web.UI.Control.RenderChildrenInternal(HtmlTextWriter writer, ICollection children)
   в System.Web.UI.Control.RenderControlInternal(HtmlTextWriter writer, ControlAdapter adapter)
   в ASP.bitrix_templates__citycelebrity_template_master.__Renderform1(HtmlTextWriter __w, Control parameterContainer) в c:\wwwroot\citycelebrity.ru\bitrix\templates\.citycelebrity\template.master:строка 126
   в System.Web.UI.Control.RenderChildrenInternal(HtmlTextWriter writer, ICollection children)
   в System.Web.UI.HtmlControls.HtmlForm.RenderChildren(HtmlTextWriter writer)
   в System.Web.UI.HtmlControls.HtmlContainerControl.Render(HtmlTextWriter writer)
   в System.Web.UI.Control.RenderControlInternal(HtmlTextWriter writer, ControlAdapter adapter)
   в System.Web.UI.HtmlControls.HtmlForm.RenderControl(HtmlTextWriter writer)
   в System.Web.UI.Control.RenderChildrenInternal(HtmlTextWriter writer, ICollection children)
   в Bitrix.UI.BXMasterPage.Render(HtmlTextWriter writer)
   в System.Web.UI.Control.RenderControlInternal(HtmlTextWriter writer, ControlAdapter adapter)
   в System.Web.UI.Control.RenderChildrenInternal(HtmlTextWriter writer, ICollection children)
   в Bitrix.UI.BXPage.Render(HtmlTextWriter writer)
   в Galssoft.CityCelebrity.UI.BasePage.Render(HtmlTextWriter writer) в C:\projects\CityCelebrity\src\Galssoft.Citycelebrity\UI\BasePage.cs:строка 389
   в System.Web.UI.Control.RenderControlInternal(HtmlTextWriter writer, ControlAdapter adapter)
   в System.Web.UI.Page.ProcessRequestMain(Boolean includeStagesBeforeAsyncPoint, Boolean includeStagesAfterAsyncPoint)

С помощью лупы рассмотрите летний и весенний побеги хвоща полевого из гербария

Заполните таблицу в своей тетради. Названия грибов Полезные и вредные свойства​

Помогите пожалуйста решить задачи правильно !!!!! 1. Конкордантність за гіпертонією у однояйцевих близнят (ОБ) складає 26,2%, у двояйцевих (ДБ) — 10% … . Визначити коефіцієнт спадковості (Н) та вплив середовища (С) на прояв даної хвороби. 2. Частота конкордантності (співпадання) шизофренії у монозиготних близнюків складає 70%, дизиготних – 13%, епілепсії – відповідно 67% і 3%, кольору очей – 99,5% і 28%. а) Які з названих ознак мають лише спадкову детермінацію і які визначаються ще і факторами зовнішнього середовища? б) Визначте частку генетичного фактора у формуванні шизофренії, епілепсії і кольору очей. 3. Популяція складається з 64% гомозигот, 4% гомозигот аа, 32% гетерозигот Аа. Визначте частоту алелів А і а.

Помогите пожалуйста правильно ответить,на вопросы дать полный ответ на каждый вопрос!!!! Спасибо. 1. Який матеріал використовують для хромосомного а … налізу. 2. З якою метою складають родоводи, яку інформацію при цьому отримують? 3.За яким типом успадковується гемофілія: а) автосомно-домінантний; б) автосомно-рецесивний; в) зчеплений зі статтю домінантний; г) зчеплений зі статтю рецесивний; д) не підлягає законам Менделя.

Добрый вечер! Помогите пожалуйста правильно, решить задачи по биологии!! Спасибо!!!! 1. Конкордантність за гіпертонією у однояйцевих близнят (ОБ) скл … адає 26,2%, у двояйцевих (ДБ) — 10%. Визначити коефіцієнт спадковості (Н) та вплив середовища (С) на прояв даної хвороби. 2. Частота конкордантності (співпадання) шизофренії у монозиготних близнюків складає 70%, дизиготних – 13%, епілепсії – відповідно 67% і 3%, кольору очей – 99,5% і 28%. а) Які з названих ознак мають лише спадкову детермінацію і які визначаються ще і факторами зовнішнього середовища? б) Визначте частку генетичного фактора у формуванні шизофренії, епілепсії і кольору очей. 3. Популяція складається з 64% гомозигот, 4% гомозигот аа, 32% гетерозигот Аа. Визначте частоту алелів А і а.

Яких правил слід дотримуватись для досягнення високої працездатності м’язів під час фізичної роботи?

Назовите основоположников естествознания​

Пожалуйста помогите пожалуйста решить задачи по биологии, нужно чтобы было Дано, решение, и т. д…!!!

Помогите пожалуйста 5 класс

Помогите пожалуйста дам 15балов

Помогите пожалуйста природа 5класс

Конспект урока на тему «Картина из гербария» (с применением ИКТ и здоровьесберегающих технологий)

Тема урока: Картина из гербария.

Цель: ознакомить с выразительными возможностями аппликации из гербария, техникой декорирования.

Задачи урока:

Образовательная — познакомить учащихся с техникой декорирования, основными этапами работы из гербария. Изготовление эскиза будущей картины из сухих листов.

Воспитательная — продолжить формирование аккуратности, добросовестного отношения к труду, дисциплинированности в работе и товарищеской взаимопомощи, воспитание к бережливому отношению к природе.

Развивающая — научить учащихся составлять орнамент, способствовать в пробуждении фантазии, развивать ручные умения, чувство формы.

Материалы:

Для учителя (презентации на тему, музыкальное сопровождение)

Для учащихся (тетрадь, карандаш, лист А4)

План урока:

Организационная часть

Повторение ранее изученного материала

Краткий рассказ учителя и ученика о декорировании интерьера

Основная часть урока (просмотр презентации, практическая работа – составление эскиза композиции) — 30 мин.

Заключение (оценка работ учащихся, обобщение)- 5 мин.

Ход урока

1. Организационная часть, приготовление рабочего места, инструкция по ТБ с инструментами и материалами.

2. Повторение ранее изученного материала – опрос на тему, что такое гербарий, виды сушки листьев.

3. Краткая беседа учителя о составлении композиции из гербариев.(показ слайдов)

Первая половина осени – чудесная пора, когда природа хоть и теряет сочность, но зато приобретает теплоту разнообразных оттенков красного, желтого и оранжевого. В это время часто бывает солнечно и тепло, поэтому можно много времени проводить на свежем воздухе, любуясь осенним огнем, которым горят трава, кусты и деревья. Но можно привнести немного осени и в свое жилище. Цвета осени – теплые и солнечные, они сделают помещение уютнее и жизнерадостнее. Осенний декор оживит интерьер, подарит хорошее настроение и ощущение близости к природе.

Осенний декор для дома

Что можно использовать в качестве осеннего декора? Конечно же, то, что дает нам природа. В первую очередь, это осенние листья – желтые, рыжие, красные.

Осенние букеты

Из больших «огненных» листьев, собранных на улице, получаются чудесные букеты для украшения интерьера. Осенние листья в букетах комбинируют с садовыми цветами и веточками осенних ягод – рябины, брусники и т.п.

Кроме того, если хочется немного «порукоделить», можно изготовить цветочный букет из осенних листьев. Например, сложить из них розы, закрепив их на проволоке. Важно, чтобы листья были немного влажными и мягкими. Такой букет «роз» из листьев высохнет и простоит очень долго – хоть до следующей осени.

Осенний букет из листьев

Чтобы сделать цветок, нужно сложить лист поперек пополам и скрутить его валиком. Второй лист тоже согнуть поперек пополам и обернуть его поверх валика. Затем обернуть следующим листом и следующим. Достаточно будет четырех сложенных поперек листов для одной розы. Во время скручивания поддерживаем основание «цветка» пальцами, а потом завязываем ниткой, продеваем проволоку и снова подвязываем цветок к ней нитью.

Осенние листья для украшения дома

Осенние листья подходят не только для букетов. Можно набрать осенние листья и привязать их к шелковой нити или к красивой тесьме один рядом с другим – получится гирлянда, которая украсит каминную полку, тумбу под телевизором, оконную гардину, люстру и др. Из листьев получится интересная настенная композиция – для этого нужно ипользовать листья и багет или оригинальную фоторамку.

Листья для гирлянды можно вырезать и из цветной бумаги. Это хорошая возможность провести время вдвоем с ребенком за творческой деятельностью. Нужно приготовить трафареты разных листьев из картона, обвести трафареты на цветной бумаге и вырезать.

Получившиеся листочки можно использовать не только для гирлянды, но и для настенного панно осенней тематики. Интересная идея для совместного творчества с детьми – создание осенних листьев в форме детских ладошек. Нужно обвести на альбомном листе или картоне ладошки детей, вырезать их и раскрасить цветами осени. Из листьев-ладошек получится отличная гирлянда или панно «Осеннее семейное дерево».

Практическая работа:

Ученики самостоятельно составляют эскиз композиции, рисуя на бумаге. Затем они должны объяснить почему именно такую картину они видят у себя в интерьере.

Обобщение, самооценка своих работ учащимися, оценивание работ друзей:

Выбираем лучшие работы своих друзей.

Проводим самооценку своей работы выборочно.

В итоге выставление оценок за работы.

Домашнее задание.

Гербарий Холлистер — Что такое гербарий?

Кто использует гербарные образцы?

В Tennessee Tech коллекции используются для охвата широкой публики и частный сектор в качестве сравнительного материала для помощи в идентификации растений.

Однако наиболее широко используется научным сообществом, особенно растениеводство. систематики.

Данные гербарных образцов могут помочь в усилиях по сохранению, морфологических или молекулярные исследования, создание флор того или иного региона или монография определенного рода.

Что представляют собой гербарные образцы?

Образец гербария — это ваучер, в котором документируется вид, произрастающий на данном участке в некоторое время.Таким образом, гербарии по всему миру коллективно предоставляют необработанные данные. подкрепляя наши научные знания о том, какие виды существуют, каковы их диагностические особенности, какой диапазон вариаций существует внутри каждого вида и где каждый вид происходит. В связи с этим мировые гербарии играют важную роль в научном наследие людей.

Зачем хранить более одного образца ваучера?

Необходимы несколько образцов для документирования изменчивости (фенотипической пластичности) существующее внутри вида.Разнообразие видов определяется многими факторами. такие как условия выращивания, время года и возраст.

Например, разные размеры и формы листьев одного вида (гетерофиллии).

У наземных растений тенистые листья крупнее солнечных листьев и у водных растений. Воздушные листья крупнее погруженных.

Как открыть сундук с сокровищами? Оптимизация экстракции ДНК из образцов гербария

Abstract

Гербарные коллекции потенциально являются огромным ресурсом для исследований ДНК, но использование гербарных образцов в молекулярных исследованиях до сих пор замедлялось из-за трудностей с получением амплифицируемой ДНК.Здесь мы сравниваем набор коммерчески доступных протоколов экстракции ДНК и их эффективность с точки зрения чистоты и выхода ДНК, а также успех ПЦР-амплификации, измеренный с использованием трех маркеров разного размера, маркера штрих-кодирования rbcL (хпДНК), экзона LEAFY 3 (нрДНК) и петля trnL ^(UAA) P6 (хпДНК). Результаты показывают большие различия между методами экстракции, где чистота ДНК, а не выход, сильно коррелирует с успехом ПЦР.Размер ампликона демонстрирует столь же сильную корреляцию с успехом ПЦР, причем самый короткий фрагмент показывает самый высокий процент успеха (78%, петля P6, 10–143 пары оснований (п.н.)), а самый большой фрагмент — самый низкий успех (10%, rbcL , 670 п.н.). Также было проверено влияние метода подготовки образцов на успех ПЦР. Результаты показывают, что метод сушки сильно влияет на успех ПЦР, особенно на доступность фрагментов длиной более 250 п.н., где более длинные фрагменты более доступны для амплификации ПЦР в материале, высушенном на воздухе, по сравнению с образцами, высушенными спиртом.Результаты нашего исследования показывают, что проекты, основанные на некачественном исходном материале, таком как гербарий или образцы ската, должны быть сосредоточены на извлечении чистой ДНК и нацелены на амплификацию коротких целевых областей (<200–300 п.н.) для достижения максимальных результатов. Разработка более коротких областей штрих-кодирования или мини-штрих-кодов в рамках существующих должна иметь большое значение, поскольку в настоящее время доступно лишь несколько вариантов; это особенно важно, если мы надеемся включить миллионы имеющихся гербарных образцов в инициативы по штрих-кодированию и другие молекулярные исследования.

Образец цитирования: Särkinen T, Staats M, Richardson JE, Cowan RS, Bakker FT (2012) Как открыть сундук с сокровищами? Оптимизация извлечения ДНК из образцов гербария. PLoS ONE 7 (8): e43808. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0043808

Редактор: Дэвид Карамелли, Университет Флоренции, Италия

Поступила: 06.06.2012; Одобрена: 26 июля 2012 г .; Опубликован: 28 августа 2012 г.

Авторские права: © Sarkinen et al.Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Финансирование: Работа финансировалась программой исследовательских инфраструктур Европейского сообщества в рамках программы FP7 «Синтез систематических ресурсов», грант № 226506-CP-CSA-Infra. Финансирующие организации не играли никакой роли в дизайне исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.

Конкурирующие интересы: Авторы заявили об отсутствии конкурирующих интересов.

Введение

Гербарии, которые когда-то назывались сухими садами, представляют собой коллекции сохранившихся образцов растений, используемых для научных исследований. Самые ранние гербарии были созданы в Европе в 16 900–40-м веке [1], [2], и с тех пор ученые продолжали собирать их со всех уголков земного шара. Было подсчитано, что 2721 действующий гербарий в мире вместе составляют c.361 миллион экземпляров [3]. Эти коллекции охватывают большинство видов растений мира, в том числе многие узко ограниченные местные эндемики, виды, которые еще предстоит описать [4], [5], и те, которые уже вымерли.

Несмотря на большое количество образцов, хранящихся в гербариях по всему миру, в настоящее время только небольшая их часть используется для исследований на основе ДНК, в основном из-за плохого успеха экстракции и ПЦР-амплификации большей части гербарной ДНК. Следовательно, необходимы систематические исследования для оптимизации методов и их эффективности.Это особенно актуально в тех случаях, когда гораздо проще и рентабельнее получить образцы гербария из различных географических местностей, чем живой материал, особенно когда виды вымирают или становятся все более редкими в дикой природе. Повышение доступности гербарной ДНК также будет способствовать текущим инициативам по штрих-кодированию растений, таким как iBOL (iBOL.org). iBOL стремится предоставить к 2015 году инструмент идентификации на основе ДНК для большинства видов растений, и планируется, что 10% целевых штрих-кодов ДНК будут взяты из музейных материалов.Таким образом, доступ к гербарной ДНК поможет таким проектам гораздо более эффективно собирать образцы разнообразия видов, поскольку гербарии являются крупнейшими точками доступа к проверенным экспертами образцам растений.

ДНК гербария и ее проблемы

Herbarium DNA представляет особые проблемы для молекулярных исследований, которые можно в общих чертах разделить на (1) специфические для образца и (2) специфические для таксона факторы (рис. 1). К специфическим вопросам, связанным с образцом, относятся такие факторы, как метод подготовки образца, история хранения и возраст образца.Предыдущие исследования показали, что большая часть повреждений гербарной ДНК вызвана подготовкой образцов, с различной степенью повреждений, вызванных различными используемыми методами сушки, с лишь незначительным эффектом последующего сохранения истории [6] — [8] и не обнаруживаемого эффекта возраст экземпляра [9]. Staats et al. [6] также показали, что нет систематической ошибки в сохранении ядерной ДНК по сравнению с ДНК органелл, указывая на то, что ядерные и обычно используемые пластидные маркеры доступны для ПЦР-амплификации в том же соотношении, что и в свежей ткани.

Таксон-специфические факторы гербарной ДНК включают выдающееся разнообразие текстур листьев и широкий спектр вторичных соединений, присутствующих в растениях (рис. 1). Растения гораздо более разнообразны по своему химическому составу по сравнению с другими организмами, и из тысяч первичных и вторичных метаболитов, обнаруженных в растениях, полифенолы и полисахариды наиболее сильно влияют на экстракцию ДНК через окисление ДНК, ковалентное связывание с нуклеотидами и ингибирование ферментативных реакций во время ПЦР [ 10] — [12].Определенные типы и текстуры листьев аналогичным образом могут препятствовать извлечению ДНК. Известные или потенциально проблемные группы включают суккуленты (например, Crassulaceae, Aloeaceae, Cactaceae) [13], [14], виды с твердыми и волокнистыми листьями (например, Aquifoliaceae, пальмы) [15], плотоядные растения [16] и таксоны. со смолой или соком (например, Apocynaceae, Pinaceae, Sapotaceae) [17].

Несмотря на предыдущие исследования, проведенные по конкретным аспектам гербарной ДНК (например, [18] — [21]), не было проведено крупномасштабных исследований по проверке влияния различных методов экстракции ДНК на эффективность экстракции ДНК из гербарных образцов в широком диапазоне таксоны.Хотя разрабатываются инновационные методы экстракции ДНК и ПЦР-амплификации, которые хорошо работают с небольшим количеством ДНК (например, [22] — [24]), в настоящее время доступны лишь немногие из крупномасштабных проектов, направленных на работу с таксонами растений с использованием автоматизированных или полуавтоматических методов. -автоматизированные протоколы. Доступные методы включают (1) связывание диоксида кремния, (2) связывание магнитными шариками, (3) осаждение высаливанием и (4) анионообменную очистку. Каждый из них основан на разном методе и химическом составе экстракции ДНК, и, следовательно, ожидается, что методы будут различаться по эффективности экстракции ДНК.

Здесь мы проводим систематическое исследование эффективности экстракции ДНК из исторических гербарных образцов, представляющих широкий спектр филогенетического разнообразия видов сосудистых растений и историй сохранности. Мы тестируем восемь коммерчески доступных протоколов и протоколов, которые обычно используются в лабораториях, специализирующихся на обработке гербарных образцов, представляющих каждый из вышеупомянутых четырех методов выделения ДНК. Мы также проверяем влияние метода сохранения на эффективность экстракции ДНК путем экспериментальной сушки образцов с использованием сушки диоксида кремния, естественной сушки на воздухе, сушки искусственным воздухом и сушки спиртом (как быстрой, так и медленной).Сделаны общие выводы об относительной эффективности различных методов экстракции, ДНК-полимераз, добавок для ПЦР с использованием трех различных молекулярных маркеров, а также даны рекомендации для будущих исследований.

Результаты

Влияние ДНК-полимеразы на успех амплификации

Четыре фермента ДНК-полимеразы были протестированы, чтобы выбрать наиболее эффективный фермент для дальнейших экспериментов. Результаты показали большие различия между ферментами с точки зрения успешности амплификации, которую мы здесь качественно определяем как способность амплифицировать область штрих-кодирования rbcL .Platinum Taq оказалась наиболее эффективной полимеразой с наибольшим количеством положительных ампликонов для тестируемого маркера ( rbcL , 19% вероятность успеха) (Таблица 1). 3’– 5′-ферменты Platinum Taq High Fidelity и SAHARA оба показали плохие результаты — только 11% и 2% rbcL ПЦР, соответственно (Таблица 1). Эффект фермента репарации PreCR Repair Mix был протестирован с использованием наиболее эффективной ДНК-полимеразы Platinum Taq и показал, что, хотя дополнительных положительных ампликонов не наблюдалось (таблица 1), фермент репарации производил ампликоны с более высоким выходом (результаты не показаны).

Выход и чистота ДНК

Восемь протестированных протоколов экстракции показали статистически значимые различия как в отношении выхода ДНК (критерий ранга Фридмана, P <0,00001), так и в отношении чистоты ДНК ( P <0,00001). Самый высокий средний выход ДНК был получен с помощью метода CTAB (3000 нг) с последующим протоколом ChargeSwitch (2076 нг), в то время как протокол GenomicTip дал самый низкий средний выход (7 нг) (Таблица 2) (Рисунок 2). Протоколы, дающие большое количество ДНК, обычно плохо работают с точки зрения чистоты ДНК, показывая низкие отношения A260 / A280 (1.36–1,46) (Рисунок 2), тогда как протоколы с низким выходом ДНК показали чистую ДНК (Таблица 2). Самая чистая ДНК была получена с использованием протокола NucleoSpin со средней чистотой 1,88 (чистота 40% образцов) с последующим подходом связывания CTAB + диоксид кремния, который дал среднюю чистоту 1,62 (чистота 22,9% образцов) (таблица 2).

Успешная амплификация ПЦР

Все отобранные образцы гербария продуцировали ДНК, пригодную для амплификации, по крайней мере с одним из протестированных здесь протоколов выделения ДНК. Протокол выделения ДНК с наилучшим общим успехом ПЦР, т.е.е. Наибольшее количество гербарных образцов с хотя бы одним положительным ампликоном был методом, сочетающим CTAB со связыванием кремнезема (100%), за которым следует протокол DNeasy (96%) (таблица 2, рисунок 3). Наибольшее количество ампликонов LEAFY (66%) и петли P6 (100%) было получено при связывании CTAB + диоксид кремния, тогда как наибольшее количество относительно длинных ампликонов rbcL (23,4%) было получено при использовании протокола DNeasy ( Таблица 2, Рисунок 3). Наблюдалась сильная отрицательная тенденция между размером ампликона и успехом ПЦР с короткой петлей P6 (c.10–143 п. Статистически значимой разницы в средних выходах ДНК между экстрактами ДНК с успешной ПЦР и без нее (тест Манна-Уитни, Z = -1,267, P = 0,205) не было, что указывает на то, что выход ДНК не является предиктором успеха ПЦР. Однако имелась статистически значимая разница в средней чистоте ДНК (соотношение A260: A280) между экстрактами ДНК с успешной ПЦР и без нее (тест Манна-Уитни, Z = -5.120, P <0,001), что указывает на то, что чистота ДНК может использоваться в качестве предиктора успеха ПЦР. Протоколы экстракции ДНК, которые показали высокий успех ПЦР, содержали большее количество образцов с соотношением чистой ДНК (медиана = 1,65, диапазон = 1,40–2,07) по сравнению с протоколами экстракции ДНК, которые не показали успеха ПЦР (медиана = 1,37, диапазон = 1,04–1,62) .

Хотя ожидалось, что возраст не повлияет на успех ПЦР, мы проверили сигнал и не обнаружили влияния возраста образца на успех ПЦР (тест Манна-Уитни, Z = -1.489, P = 0,136). Секвенирование ампликонов подтвердило, что все протестированные образцы имели ожидаемую идентичность, основанную на поиске BLAST, что указывает на то, что контаминация не повлияла на наши результаты ПЦР. В одном случае (последовательность петли P6 образца 14, первоначально определенная как Commelina communis L., Commelinaceae), поиск BLAST дал точное совпадение с Weldenia Candida Schult. е., Commelinaceae (значение E = 1e – 16), но это произошло скорее из-за неправильной идентификации оригинального ваучера, чем из-за загрязнения.Теперь образец был повторно идентифицирован как Tradescantia sp. (Таблица S1).

Влияние метода сушки образцов на ДНК гербария

Пять испытанных методов сушки гербарных образцов показали статистически значимые различия в выходах ДНК (ранговый тест Фридмана, P = 0,004). Сушка спиртом (быстрая и медленная) показала самый низкий средний выход ДНК (533–652 нг), в то время как сушка на воздухе с искусственным нагревом дала самый высокий средний выход ДНК (1322 нг) (Таблица 4). Не было статистической разницы в чистоте ДНК между пятью испытанными методами сушки (критерий ранга Фридмана, P = 0.153). Успех ПЦР был 100% для всех трех областей, амплифицированных для материала высушенных силикагелем листьев (таблица 4, фигура 4). Для других методов успех варьировался в зависимости от размера целевого ампликона и используемого метода сушки (таблица 4, рисунок 4). Петля P6 амплифицировалась почти для всех образцов всех методов сушки, но как для LEAFY , так и для rbcL успешность ПЦР была наибольшей в ДНК, экстрагированной из материала, высушенного на воздухе ( rbcL 78–84%, LEAFY 72–89). %), а самый низкий — для образцов, высушенных спиртом ( rbcL 61%, LEAFY 61–72%) (таблица 4, рисунок 4).Метод сушки с использованием бумажного блоттинга при комнатной температуре показал самый высокий процент успешных результатов ПЦР после метода сушки диоксида кремния (таблица 4).

Обсуждение

Чистота ДНК до количества

Наше исследование — первое, в котором систематически сравниваются различные методы выделения ДНК на филогенетически разнообразной панели гербарных образцов покрытосеменных растений, и подчеркивается важность стремления к высокой чистоте ДНК, а не количеству в гербарных исследованиях. Важность высокой чистоты, свободной от примесей ДНК была признана в древних исследованиях ДНК, и несколько исследований были сосредоточены на разработке протоколов экстракции, оптимизирующих не только выход, но и чистоту [27] — [30].Можно ожидать тесной связи между чистотой ДНК и успехом ПЦР, особенно у растений, из-за огромного количества первичных и вторичных химических веществ, присутствующих в их клетках. Неспособность очистить ДНК от полифенолов и полисахаридов может привести к отрицательным результатам ПЦР, несмотря на высокие выходы ДНК из-за ингибирующих свойств ПЦР первичных и вторичных химикатов даже в недеградированных образцах ДНК. Следовательно, можно ожидать, что важность ДНК высокой чистоты будет еще выше для образцов деградированных растений, таких как ДНК гербария, по сравнению с древними ДНК других организмов.Наиболее эффективные протоколы экстракции ДНК для гербарной ДНК — это те, которые сочетают высокую чистоту с высоким выходом ДНК, такие как наш комбинированный метод CTAB со связыванием диоксида кремния. Эти методы являются многообещающими, и следует сосредоточить внимание на их дальнейшем развитии и масштабировании.

Маленькие фрагменты в гербарной ДНК

Второй фактор, который сильно влияет на успех ПЦР, — это размер целевого ампликона. Наши результаты показывают, что короткие фрагменты многочисленны в гербарной ДНК и, следовательно, ПЦР меньших целевых областей имеет более высокие показатели успеха.Короткие фрагменты в образцах деградированной ДНК были отмечены как проблема с самого начала исследований ископаемой ДНК (например, [31], [32]), и наше исследование является первым исследованием доступности фрагментов разного размера в группе старые гербарные образцы. Мы использовали три области разного размера, чтобы проверить влияние размера целевого локуса на успех амплификации, и наши результаты показывают, что существует резкая граница в доступности фрагментов вокруг c. 200 п.н .: показатели успешности ПЦР были близки к 100% для области длиной 100 п.н., 24% для области 260 п.н. и только 10% для самой длинной области (670 п.н.).Для проектов, работающих с образцами деградированных растений, было бы целесообразно стремиться к участкам короче 300 п.н., но необходимы дальнейшие исследования для установления верхнего и среднего пределов размера доступных фрагментов в гербарной ДНК, например следуя методике Zimmermann et al. [32]. Однако ситуация будет несколько иной в проектах, в которых применяются технологии секвенирования следующего поколения (см. Обсуждение ниже).

Влияние других факторов на успех ПЦР ДНК гербария

Наше исследование также принимало во внимание другие факторы, такие как выбор фермента ДНК-полимеразы и добавок для ПЦР для успеха ПЦР.Мы обнаружили большие различия в эффективности полимеразы с гербарной ДНК. Наши результаты основаны на недавних исследованиях, которые продемонстрировали, что выбор полимеразы сильно влияет на успех ПЦР [33], [34] не только из-за различной структуры ферментов и каталитических свойств, но также из-за различий в чистоте ферментов и химическом составе полимеразного буфера [33]. Наши результаты также предполагают, что ферменты с 3′-5′-корректирующей способностью хуже работают с гербарной ДНК по сравнению с ферментами без корректирующей способности с точки зрения успеха амплификации.

В настоящее время имеется достаточно доказательств того, что высокая концентрация BSA оказывает сильное положительное влияние на успех ПЦР на матричной ДНК низкого качества. Доказательства получены из различных исследований, которые были сосредоточены на гербарной ДНК [19], ископаемых растениях [35] и ДНК древних млекопитающих [34]. Следовательно, использование БСА в высоких концентрациях в реакциях ПЦР должно стать обычным протоколом в исследованиях ДНК гербария. Исследования костных тканей древних млекопитающих также изучали влияние других добавок, таких как Triton-X 100, Tween 20, протеиназа K и N-лаурилсаркозин, на экстракцию ДНК [34], но до сих пор систематических исследований на растениях не проводилось. .Необходимы дальнейшие исследования, чтобы установить, какие добавки будут экономически эффективными при экстракции ДНК или ПЦР для противодействия негативному воздействию первичных и вторичных химических веществ, таких как полифенолы и полисахариды. Однако, учитывая обширный фитохимический спектр сосудистых растений, общие решения могут оказаться невозможными. В то время как наше исследование было направлено на оптимизацию крупномасштабного извлечения ДНК из гербарных образцов по широкому кругу таксонов, были опубликованы различные протоколы оптимальной экстракции ДНК для конкретных таксонов, которые могут применяться при работе с более узким кругом видов.

Прогнозирование успеха ПЦР для образцов

Наши результаты о влиянии метода пробоподготовки на качество ДНК подтверждают общее мнение о том, что обработанный спиртом растительный материал не является оптимальным для исследований ДНК. Образцы, высушенные с использованием предварительной обработки спиртом, дали меньшее количество и более фрагментированную ДНК по сравнению с образцами, высушенными на воздухе. Как короткое (1 день), так и длительное (2 недели) лечение алкоголем привело к сильно фрагментированной ДНК, что позволяет предположить, что повреждение ДНК вызывает не продолжительность, а использование предварительной обработки алкоголем как таковое.Различия были очевидны при сравнении результатов высушенного спиртом материала с высушенным воздухом материалом, обработанным в течение того же короткого периода времени: обработанный спиртом материал показал значительно более низкие выходы ДНК и более низкий успех ПЦР с большими и средними ампликонами. Никаких существенных различий между двумя методами сушки на воздухе, аналогичных результатам Харриса [7], не наблюдалось, предполагая, что естественная сушка в течение более длительных периодов времени при более низком нагреве одинаково хороша по сравнению с быстрой сушкой образцов при более высоких температурах.

Хотя наши результаты полезны для определения того, как коллекционеры могут собирать свои образцы в полевых условиях в будущем, они не помогают предсказать, какие гербарные образцы в наших существующих коллекциях следует использовать для исследований ДНК. Подробная информация о методе подготовки образцов обычно недоступна для образцов, и в большинстве случаев невозможно установить метод сушки образцов постфактум. Мы вслепую протестировали четырех старших опытных полевых ботаников в Королевском ботаническом саду Эдинбурга с набором из 40 образцов, подтвердив, что мнение экспертов было весьма противоречивым.Однако исторические факты, касающиеся методов сбора, могут помочь в выяснении некоторых закономерностей. Сушка воздухом без искусственного нагрева использовалась исключительно до 1880-х годов такими исследователями, как Дарвин, во время местных и даже более глобальных поездок по сбору. В 1887 году сушка спиртом, также известная как метод Швайнфурта, была создана как метод сбора растений во влажных тропиках и широко рекламировалась в течение последующих лет [36] — [38]. На сегодняшний день сушка спиртом по-прежнему используется преимущественно в Юго-Восточной Азии, но также в Латинской Америке и Африке в проектах, работающих в отдаленных районах.Образцы, собранные в регионах с умеренным климатом, по-прежнему сушат исключительно на воздухе, естественным путем или с использованием искусственного тепла.

Последствия

Результаты нашего исследования должны послужить отправной точкой для будущих исследований по оптимизации протоколов выделения ДНК из гербарного материала. Следуя Телле и Тинесу [33] и Роланду и Хофрейтеру [30], [34], эффекты различных добавок и этапов экстракции ДНК можно было бы подробно изучить, чтобы установить оптимальный протокол для гербарных образцов, который в первую очередь максимизирует чистоту ДНК, но также уступают, уменьшая при этом дальнейшее повреждение ДНК.В таких исследованиях следует уделять особое внимание снижению негативного воздействия полифенолов и полисахаридов за счет прямого ингибирования ферментативных реакций, таких как ПЦР, а также косвенного воздействия за счет окисления ДНК.

Наши результаты имеют важное значение для таких инициатив по кодированию ДНК, как iBOL (www.ibol.org), которые в значительной степени зависят от доступа к хорошо идентифицированному растительному материалу. Для редких видов, то есть большей части разнообразия нашей планеты, гербарии являются единственным возможным источником такого материала.Наши результаты показывают, что при работе с гербарной ДНК следует проявлять особую осторожность, поскольку она обычно сильно фрагментирована, что сильно ограничивает возможность ПЦР-амплификации более длинных фрагментов. В нашем исследовании только фрагменты размером <300 п.н. легко амплифицировались из гербарной ДНК со значительным успехом. Для крупномасштабных исследований повышение уровня успешности было бы высшим приоритетом для снижения затрат.

Наши результаты согласуются с результатами Zimmermann et al. [32], которые показали, что в c.Образцы музея 50-летних лягушек и мотыльков. Методы подготовки образцов сильно различаются между науками о позвоночных, беспозвоночных и растениях, но исследование показывает тенденцию, аналогичную нашим результатам. Эти исследования подчеркивают важность разработки коротких мини-штрих-кодов, или метабаркодов sensu Taberlet et al. [39], которые можно использовать для образцов плохого качества, таких как гербарный материал (см. [40] для примера исследований на животных). Текущие штрих-коды полного завода rbcL и matK являются слишком длинными (> 650 п.н.), чтобы их можно было использовать для образцов низкого качества, и пока нет других кандидатов среди дополнительных предлагаемых областей штрих-кодирования [41].Наиболее многообещающей короткой областью является маркер петли trnL ^(UAA) P6, используемый в этом исследовании, который расположен в обычно используемом регионе trnL-trnF и уже широко используется в проектах, работающих с сильно фрагментированной окружающей средой. образцы, такие как испражнения животных или образцы кишечника, используемые для изучения рациона питания и использования ресурсов [42] — [44], и образцы керна окружающей среды, используемые для реконструкции прошлой растительности [45]. Подобно описанному выше, были разработаны праймеры для мини-штрих-кода rbcL , подходящего для работы с деградированной ДНК [44], но использование этого мини-кода было ограничено, поскольку универсальность этих праймеров до сих пор не проверена.

Эти результаты показывают, что исследования ДНК с использованием традиционных методов секвенирования по Сэнгеру, основанных на предшествующей ПЦР-амплификации, могут быть проблематичными. Присутствие фрагментированной ДНК, однако, должно быть гораздо меньшей проблемой в мире секвенирования следующего поколения, поскольку большинство подходов к секвенированию NGS требуют фрагментированной (и лигированной) ДНК в качестве исходного материала (например, [46]). Тот факт, что платформы NGS основаны на чтении коротких последовательностей, делает их многообещающим инструментом для гербарной ДНК. Однако есть некоторые предостережения.В настоящее время для платформ NGS требуется большое количество ДНК, и выходов ДНК, полученных из гербарных образцов, может быть недостаточно для большинства приложений. Возможно, технология секвенирования одной молекулы может оказаться полезной при повреждении ДНК [47]. Тем временем в области мета-штрих-кодирования разрабатываются подходы, подходящие для образцов ДНК из окружающей среды, которые включают таксоны с низкой численностью и низким выходом матричной ДНК [39]. Такие подходы к мета-штрих-кодированию можно было бы рассмотреть для гербарной ДНК, поскольку они хорошо подходят для обычно низкоурожайных гербарных образцов.

Таким образом, результаты нашего исследования вместе с данными предыдущих исследований гербарной ДНК убедительно свидетельствуют о том, что при работе с гербарной ДНК следует учитывать пять важных факторов (в произвольном порядке): (1) успешность амплификации выше, чем короче. области-мишени из-за сильной фрагментации гербарной ДНК; (2) чистота ДНК более важна как предиктор успеха амплификации, чем выход ДНК, и, следовательно, следует использовать методы экстракции ДНК, которые максимизируют чистоту ДНК; (3) BSA следует обычно использовать в реакциях ПЦР в высоких концентрациях при работе с гербарной ДНК [19], [34]; (4) метод подготовки образцов сильно влияет на успех ПЦР из-за фрагментации ДНК, когда образцы, обработанные спиртом, обычно имеют более фрагментированную ДНК; следовательно, более короткие размеры целевого ампликона (c.100 п.н.) рекомендуются для образцов, высушенных спиртом, чтобы добиться максимального успеха; и (5) отсутствует предвзятая деградация ядерной ДНК и что органеллы (пластидные и митохондриальные) и ядерная ДНК одинаково доступны в гербарных образцах по сравнению со свежей тканью (как сообщается в [6]).

Материалы и методы

Гербарные образцы для испытаний

Набор из 47 гербарных образцов из гербария Королевского ботанического сада Эдинбурга (RBGE) (E) использовался для всех экспериментов (Таблица S1).Все необходимые разрешения для описанного растения и отбора образцов были получены от соответствующих кураторов Дэвида Харриса и Фионы Инчес, RBGE. Выборки представляли 47 видов из 47 семейств и 46 отрядов покрытосеменных растений с возрастным диапазоном 52–92 года со средним значением 64 (Таблица S1). Были включены различные пресловутые «проблемные» таксоны, чтобы представить реалистичное разнообразие текстур и химического состава листьев (Таблица S1). Хотя данные о методе подготовки образцов недоступны ни для одного из исторических образцов, мы использовали их внешний вид и географическое происхождение, чтобы предсказать метод сушки.Все образцы, собранные в Великобритании, считались высушенными на воздухе, в то время как любые образцы с четкими влажными отметками или белыми порошкообразными остатками спирта считались высушенными на воздухе. Это привело нас к предположению, что 72% образцов, вероятно, были высушены на воздухе и 15% высушены спиртом, а 6 образцов высушены спиртом или воздухом (Таблица S1).

Экстракция ДНК

были выбраны для охвата всех четырех основных методов экстракции ДНК, а также наиболее часто используемых протоколов в некоторых из крупнейших лабораторий растений, работающих с гербарной ДНК.Для каждого метода мы выбрали коммерчески доступные наборы, которые обычно используются в лабораториях, специализирующихся на образцах растений, и наборы, которые позволяют извлекать образцы ДНК с низким содержанием. Три из восьми выбранных протоколов были основаны на методе связывания диоксида кремния, один — на связывании с магнитными шариками, один — на анионообменной очистке и один — на осаждении высаливанием (таблица 2). Кроме того, были протестированы два протокола, сочетающих осаждение с высаливанием (CTAB) и связывание с диоксидом кремния (таблица 2). Что касается имеющихся в продаже наборов, то для образцов-шаблонов невысокого качества соблюдались инструкции производителя; для опубликованных протоколов соблюдались оригинальные публикации, а для протоколов CTAB и мочевины подробности протокола экстракции можно найти в файле S1.Взвешивали 5 мг фрагмента листа и помещали в пробирку Эппендорфа с щепоткой стерилизованного песка и металлической бусиной. Затем образцы измельчали ​​в смесительной мельнице (MM300, Qiagen) в предварительно охлажденных (-20 ° C) адаптерах в течение 4 × 1 мин при скорости 20 Гц. Для всех протоколов мы обрабатывали образцы рибонуклеазой А (РНКаза А) для удаления РНК перед ПЦР и визуализацией геля. ДНК элюировали стерильной водой или элюирующим буфером, предоставленным наборами.

Тест ДНК-полимеразы и восстанавливающего фермента

Предыдущие исследования показали, что выбор ферментов ДНК-полимеразы и использование добавок в ПЦР может повлиять на успех ПЦР, особенно в случае ДНК низкого качества [19], [33], [34].Мы протестировали четыре различных ДНК-полимеразы, которые различались по стоимости на единицу: BioTaq (Bioline, BIO-21040) представляла собой основную, обычно используемую ДНК-полимеразу, Platinum Taq (Invitrogen, 10966-018) и Platinum Taq High Fidelity (11304-011), последний с 3′ – 5 ′ возможностями корректуры. Наконец, был выбран SAHARA (Bioline, BIO-21090), поскольку рекламируется, что он хорошо работает с образцами с низким содержанием шаблона и потому, что он обладает 3’– 5 ‘активностью корректуры (Таблица 1). Мы также протестировали влияние смеси PreCR Repair Mix (New England Biolabs, M0309S) на последующий успех ПЦР.Смесь ферментов восстанавливает основные повреждения ДНК, такие как базовые участки, зазубрины, димеры тимина, дезаминированные цитозины, окисленный гуанин и пиримидин, которые предотвращают включение ошибочно кодируемых нуклеотидов и приводят к остановке ДНК-полимеразы. PreCR был протестирован с наиболее эффективной ДНК-полимеразой (Platinum Taq, см. Результаты) с использованием ДНК, экстрагированной с помощью набора DNeasy.

Измерения качества ДНК

оценивали по трем критериям: (1) чистота ДНК, (2) выход ДНК и (3) успех ПЦР-амплификации.Чистоту ДНК (отношения OD _260/280 и OD _260/230 ) и выход измеряли с помощью откалиброванного УФ-спектрофотометра NanoVue (GE Healthcare) в режиме высокой точности. Считалось, что отношения OD _260/280 от 1,7 до 2,0 указывают на чистую ДНК. Мы также стремились измерить выход ДНК и фрагментацию с помощью визуализации геля и количественной оценки. Пять мкл каждого образца наносили на 1,8% агарозный гель с 0,5 мкг / мл бромистого этидия. Однако этот подход потерпел неудачу, поскольку для большинства образцов, кроме контроля, ДНК не была видна или ее было мало из-за в целом низкого выхода ДНК (см. Результаты).Увеличить количество ДНК, нанесенной на гель, было невозможно из-за ограниченного отбора проб из использованного гербарного материала.

Окончательным тестом качества ДНК была успешность ПЦР-амплификации, которая использовалась для проверки общего качества и количества матричной ДНК, а также уровня фрагментации ДНК. Мы определяем успех амплификации качественно как образование полос конкретных фрагментов, видимых на агарозных гелях. Визуальный порог измеряли с помощью программного обеспечения GeneTools (Syngene UK), которое обнаруживает полосы на изображениях гелей на основе ожидаемого размера.Использовали три маркера, два маркера хлоропластов и один маркер ядерного гена одной копии (таблица 5), все они имели размер от 10 до 143 (петля P6), 260 ( LEAFY ) и 670 п.н. ( rbcL ). Мы выбрали rbcL и петлю P6, поскольку они представляют два маркера хлоропластов разной длины, и для обоих доступны универсальные праймеры (Таблица 5) [41], [45], [48]. Мы также использовали экзон 3 однокопийного ядерного гена LEAFY , который является консервативным для сосудистых растений, и для этого региона были доступны почти универсальные праймеры (таблица 5) [49].Особое внимание было уделено тому, чтобы избежать контаминации: для амплификации ПЦР использовалась отдельная комната, а реакции проводились под стерильными проточными вытяжными шкафами с использованием наконечников с фильтрами. Реакции проводили в объеме 25 мкл, содержащем 2 мкл матричной ДНК, 1 × буфер, 1 мг / мл альбумина бычьей сыворотки, 1,5 мМ MgCl2, 0,2 мМ каждого dNTP, 0,2–0,5 мкМ каждого праймера и 1 ед. ДНК-полимеразы. Исключением был LEAFY , для которого использовали 3 мМ MgCl2 и 2,0 мкМ каждого праймера. Циклы ПЦР включают 2-минутную стадию денатурации при 94 или 95 ° C в зависимости от используемого фермента ДНК-полимеразы, 40 циклов отжига при 94 ° C в течение 2 минут, оптимизированную температуру отжига в течение 1 минуты и 72 ° C в течение 1 минуты, а затем 5 минут. удлинение при 72 ° C.Температуры отжига, оптимизированные и проверенные с использованием свежих образцов для испытаний, составляли 45 ° C для rbcL и 55 ° C для LEAFY и петли P6. Пять мкл каждого продукта ПЦР обрабатывали на 1,8% агарозном геле с 0,5 мкг / мл бромистого этидия, и все видимые полосы ожидаемого размера регистрировали как положительные ампликоны. Присутствие полосы на изображении геля подтверждали с помощью опции автоматического определения полосы в программном обеспечении GeneTools (Syngene UK). Не было обнаружено продуктов ПЦР с двойными полосами. Часть образцов (10–30% на реакцию ПЦР) секвенировали для проверки на загрязнение.Для этих образцов продукты ПЦР очищали с использованием экзонуклеазы I и щелочной фосфатазы креветок (Exo / SAP) и секвенировали с использованием двух реакций (прямой и обратной) с использованием химии Big Dye. После сборки контигов с использованием CodonCode Aligner (CodonCode Corporation) консенсусные последовательности подвергали BLAST-поиску в базе данных нуклеотидов NCBI.

Подготовка экспериментального образца

Восемнадцать видов из 17 различных семейств, представляющих 18 отрядов, были выбраны для экспериментального исследования образцов (Таблица S2).От каждого растения было приготовлено по пять образцов, и каждый образец был высушен с использованием различных методик подготовки образцов, чтобы проверить влияние методов сушки на посмертное повреждение ДНК. Пять методов сушки включали: (1) сушку на воздухе при комнатной температуре (20 ° C) в течение двух недель, (2) сушку на воздухе с использованием искусственного тепла (60 ° C) в течение ночи, (3) сушку спиртом в течение одного дня, (4) сушка в спирте в течение двух недель и (5) сушка кремнезема (только листья). Сушку на воздухе при комнатной температуре проводили с использованием пресса для растений с газетой и промокательной бумагой.Бумаги меняли каждый день, и пресс выдерживали при комнатной температуре, пока все растения не высохли. Сушка на воздухе с искусственным нагревом проводилась в сушилке открытого шкафа, в которой тепло направляется вверх через пресс для растений с газетой и гофрированными листами. Сушку спиртом проводили, закрывая образцы между газетами в герметичном пластиковом пакете с 70% спиртом; Образцы оставляли в спирте на один день (метод 3) и две недели (метод 4) перед сушкой на воздухе при искусственном нагревании (60 ° C) в сушилке открытого шкафа с использованием свежей газеты и гофрированного картона.После того, как все образцы высохли, взвешивали фрагменты листьев и по 5 мг каждого использовали для экстракции ДНК в соответствии с протоколом DNeasy.

Благодарности

Авторы хотели бы поблагодарить Королевский ботанический сад Эдинбурга за разрешение и помощь в доступе к их коллекциям. Мы особенно хотели бы поблагодарить Дэвида Харриса, Сюзанн Куби, Генри Нолти, Кейт Армстронг, Марка Ньюмана, Элспет Хастон, Акселя Поулсена и Хизер МакХаффи за их опыт работы с гербарием; Дэвид Рэй и Фиона Инчес за доступ к живым образцам; Мишель Холлингсворт, Алекса Кларка и Маркуса Рухсама за помощь в лаборатории; и Питеру Холлингсворту за ценные предложения и идеи.

Вклад авторов

Задумал и спроектировал эксперименты: FB, JR, MS, RC TS. Выполнял опыты: ТС. Проанализированы данные: ТС МС. Написал статью: TS, FB, JR, MS RC.

Список литературы

1. 1. Medellín-Leal F (1975) Origenes, desarrolloistoro y estado actual de los herbarios en el mundo. Bol Soc Bot Mex 1975 34: 3–26.
2. 2. Шелтлер С.Г. (1969) Гербарий: прошлое, настоящее и будущее. Proc Biol Soc Amer 82: 687–758.
3. 3. Holmgren PK, Holmgren NH, Barnett LC (1990) Index herbariorum. Часть I: Гербарии мира. Нью-Йорк: Ботанический сад Нью-Йорка. 693 с.
4. 4. Беббер Д.П., Карин М.А., Вуд JRI, Уортли А.Х., Харрис Д.Д. и др. (2010) Гербарии — главный рубеж для открытия видов. Proc Natl Acad Sci USA 107: 22169–22171.
5. 5. Joppa LN, Roberts DL, Pimm SL (2011) Сколько существует видов цветковых растений? Proc Biol Sci 278: 554–559.
6. 6. Staats M, Cuenca A, Richardson JE, Vrielink-van Ginkel R, Petersen G, et al. (2011) Повреждение ДНК в ткани гербария растений. PLoS ONE 6: e28448.
7. 7. Харрис С.А. (1993) Анализ ДНК тропических растений: оценка различных методов сушки. P1ant Syst Evol 188: 57–64.
8. 8. Пайл М.М., Адамс Р.П. (1989) Сохранение ДНК в образцах растений in situ. Таксон 38: 576–581.
9. 9. Erkens RHJ, Cross H, Maas JW, Hoenselaar K, Chatrou LW (2008) Оценка возраста и зеленого цвета гербарных образцов как предикторы успешной экстракции и амплификации ДНК.Blumea 53: 407–428.
10. 10. Weising K, Nybom H, Wolff K, Meyer W (1995) ДНК-фингерпринтинг растений и грибов. Бока-Ратон: CRC Press. стр.322.
11. 11. Дойл Дж. Дж., Диксон Э. Э. (1987) Сохранение видов растений для анализа эндонуклеаз рестрикции ДНК. Таксон 36: 715–722.
12. 12. Джобс Д.В., Херли Д.Л., Тьен Л.Б. (1995) Выделение ДНК растений: метод эффективного удаления полифенолов, полисахаридов и РНК. Таксон 44: 379–386.
13. 13.Barnwell P, Blanchard AN, Bryant JA, Smirnoff N, Weir AF (1998) Выделение ДНК из очень слизистого суккулентного растения Sedum telephium . Растение Мол биол Реп 16: 133–138.
14. 14. de la Cruz M, Ramirez F, Hernandez H (1997) Выделение и амплификация ДНК из кактусов. Plant Mol Biol Rep 15: 319–325.
15. 15. Аль-Шайджи И., Салим М., Аль-Амад С., Аль-Авади С., Аль-Саламин Ф. (2004) Выделение и анализ общей геномной ДНК финиковой пальмы ( P.dactylifera L.) и родственные виды. Acta Biotechnologica 14: 163–168.
16. 16. Fleischmann A, Heubl G (2009) Преодоление проблем экстракции ДНК из плотоядных растений. Jard Bot Madrid 66: 209–215.
17. 17. Michiels A, Van den Ende W, Tucker M, Van Riet L, Van Laere A (2003) Извлечение высококачественной геномной ДНК из растений, содержащих латекс. Анальный Биохим 315: 85–89.
18. 18. Роджерс С.О., Бендич А.Дж. (1985) Извлечение ДНК из миллиграммов свежих, гербарных и мумифицированных тканей растений.Растение Мол Биол 5: 69–76.
19. 19. Саволайнен В., Куэно П., Спичигер Р., Мартинес М.Д.П., Кревекёр М. и др. (1995) Использование гербарных образцов в филогенетике ДНК: оценка и улучшение. Plant Syst Evol 197: 87–98.
20. 20. Drábková L, Kirschner J, Vleek C (2002) Сравнение семи протоколов экстракции и амплификации ДНК в исторических гербарных образцах Juncaceae. Растение Мол биол Реп 20: 161–175.
21. 21. Jankowiak K, Buczkowska K, Szweykowska-Kulinska Z (2005) Успешная экстракция ДНК из 100-летних гербарных образцов печеночника Bazzania trilobata .Таксон 54: 335–336.
22. 22. Li F-W, Kuo L-Y, Huang Y-M, Chiou W-L, Wang C-N (2010) Tissue-direct PCR, быстрый и безэкстракционный метод штрих-кодирования папоротников. Mol Ecol Res 10: 92–95.
23. 23. Брокингтон С.Ф., Мавродиев Э., Фамидиал Дж., Дхингра А., Солтис П.С. и др. (2008) Продолжайте движение ДНК: многократная амплификация замещения архивных экстрактов ДНК растений. Таксон 57: 944–948.
24. 24. Пан X, Урбан А.Е., Палеев Д., Шульц В., Груберт Ф. и др.(2008) Процедура высокоспецифичной, чувствительной и объективной амплификации всего генома. Proc Natl Acad Sci USA 105: 15499–15504.
25. 25. Иванова Н.В., Фазекас А.Дж., Хеберт ПДН (2008) Полуавтоматический мембранный протокол для выделения ДНК из растений. Plant Mol Biol Rep 26: 186–198.
26. 26. Дойл Дж. Дж., Дойл Дж. Л. (1987) Быстрая процедура выделения небольших количеств свежего листового материала. Phytochem Bull 19: 11–15.
27. 27. Höss M, Pääbo S (1993) Извлечение ДНК из костей плейстоцена методом очистки на основе кремнезема.Nucl Acids Res 21: 3913–3914.
28. 28. Hänni C, Brousseau T, Laudet V, Stehelin D (1995) Осаждение изопропанолом удаляет ингибиторы ПЦР из экстрактов древних костей. Nucleic Acids Res 23: 881–882.
29. 29. Kalmar T, Bachrati CZ, Marcsik A, Rasko I (2000) Простой и эффективный метод ПЦР-амплифицируемой экстракции ДНК из древних костей. Nucl Acids Res 28: E67.
30. 30. Роланд Н., Хофрейтер М. (2007b) Извлечение древней ДНК из костей и зубов.Протоколы природы 2: 1756–1762.
31. 31. Солтис П.С., Солтис Д.Е. (1993) Древняя ДНК: перспективы и ограничения. Новая Зеландия J Bot 31: 203–209.
32. 32. Циммерманн Дж., Хаджибабаей М., Блэкберн Д.К., Ханкен Дж., Кантин Э. и др. (2008) Повреждение ДНК в сохранившихся образцах и образцах тканей: молекулярная оценка. Границы зоологии 5: DOI: 10.1186 / 1742-9994-5-18.
33. 33. Telle S, Thines M (2008) Амплификация cox2 (∼620 п.н.) из 2 мг гербарных образцов возрастом до 129 лет, сравнивая 19 методов экстракции и 15 полимераз.PLoS ONE 3: e3584.
34. 34. Роланд Н., Хофрейтер М. (2007a) Сравнение и оптимизация экстракции древней ДНК. Биотехнологии 42: 343–352.
35. 35. Pääbo S (1990) Усиление древней ДНК. В: Иннис М.А., Гельфанд Д.Х., Снинский Дж. Дж., Уайт Т. Дж., Редакторы. Протоколы ПЦР: руководство по методам и приложениям. Нью-Йорк: Academic Press. 159–166.
36. 36. Schenck H (1887) Instrumente, Präparationsmethoden — Ueber die Schweinfurth’sche Methode, Pflanzen für Herbarien auf Reisen zu conserviren.Botanisches Centralblatt 35: 175–176.
37. 37. Schenck H (1888) Метод Швайнфурта для сохранения растений. Булл Торри Бот-клуб: 292–293.
38. 38. Schenck H (1889) Метод Швайнфурта для сохранения растений. Кью Булл: 19–20.
39. 39. Таберле П., Куассак Э., Помпанон Ф.О., Брохманн С., Виллерслев Э. (2012) К оценке биоразнообразия следующего поколения с использованием метабаркодирования ДНК. Мол Экол 21: 2045–2050.
40. 40. Hajibabaei M, Smith MA, Janzen DH, Rodriguez JJ, Whitfield JB и др.(2006) Минималистский штрих-код может идентифицировать образец, ДНК которого деградирована. Mol Ecol Notes 6: 959–964.
41. 41. CBOL Plant Working Group (2009) Штрих-код ДНК для наземных растений. Proc Natl Acad Sci USA 106: 12794–12797.
42. 42. Raye G, Miquel C, Coissac E, Redjadj C, Loison A, et al. (2011) Новые данные о вариабельности рациона, выявленные с помощью штрих-кодирования ДНК и высокопроизводительного пиросеквенирования: осенняя диета серны в качестве примера. Экологическое исследование 26: 265–276.
43. 43.Сойнинен Э.М., Валентини А., Куассак Э., Микель С., Гилли Л. и др. (2009) Анализ рациона мелких травоядных: эффективность штрих-кодирования ДНК в сочетании с высокопроизводительным пиросеквенированием для расшифровки состава сложных смесей растений. Передний зоопарк 6: DOI: 10.1186 / 1742-9994-6-16.
44. 44. Hofreiter M, HN Poinar, WG Spaulding, K Bauer, PS Martin и др. (2000) Молекулярный анализ рациона наземного ленивца во время последнего оледенения. Мол Экол 9: 1975–1984.
45. 45.Таберле П., Куассак Э., Помпанон Ф., Гилли Л., Микель С. и др. (2007) Мощность и ограничения интрона хлоропласта trnL (UAA) для штрих-кодирования ДНК растений. Nucl Acids Res 35: e14.
46. 46. Метцкер М.Л. (2010) Технологии секвенирования — новое поколение. Nature Reviews Genetics 11: 31–46.
47. 47. Томпсон Дж. Ф., Милос П. М. (2011) Свойства и применение секвенирования одномолекулярной ДНК. Genome Biol 12: 217.
48. 48. Kress WJ, Erickson DL (2007) Глобальный штрих-код ДНК с двумя локусами для наземных растений: кодирующий ген rbcL дополняет некодирующую область спейсера trnH — psbA .PLoS ONE 2: e508.
49. 49. Frohlich MW, Meyerowitz EM (1997) Поиск гомологов гомеотических генов цветов у базальных покрытосеменных и gnetales: потенциальный новый источник данных об эволюционном происхождении цветов. Int J Plant Sci 158: S131 – S142.

Крупномасштабное извлечение генома из гербарного материала для точной идентификации растений и филогеномики | Методы растений

Гербарий — Дендрарий Хойта

Размещенный в Библиотеке Билла ДеВиза в Центре для посетителей, Гербарий Дендрария Хойта (HAH) представляет собой музей прессованных и сушеных образцов, состоящих в основном из растений из Дендрария.

Основная задача гербария — задокументировать и проверить всемирно известную коллекцию деревьев дендрария, что повысит научную достоверность и достоверность коллекции. Наш постоянно расширяющийся гербарий также содержит растения из Портленда регионального значения.

Гербарий дополнительно функционирует как справочная библиотека для сотрудников и партнеров города Портленд, особенно в области определения уличных деревьев и инвазивных сорняков. Созданный в 2008 году и официально признанный в Index Herbariorum в 2012 году, коллекции гербария в настоящее время насчитывают более 3000 экземпляров, при этом ежегодно добавляется несколько сотен образцов.

На какие вопросы можно ответить по гербарным образцам?

Гербарные образцы составляют основу большей части информации, публикуемой в местных флорах и путеводителях. Образцы часто используются для:

• Проверить растение на вид
• Рекордное флористическое разнообразие для данной местности
• Сообщать об исторических условиях для информирования усилий по восстановлению и сохранению окружающей среды
• Служить источником генетического материала растений
• Отслеживание изменений в ареале видов растений с течением времени
• Информирование государственной политики по охране видов
• Задокументировать изменения фенологии растений в связи с изменением климата и условий окружающей среды

Какие ссылки мы используем для идентификации растений?

Большинство деревьев в Дендрарии имеют известное происхождение, что указывает на то, что у нас есть хорошая документация о том, откуда они пришли! Чтобы проверить виды деревьев, собранные в дикой природе из их естественных ареалов, мы используем следующие ресурсы, ссылки на ресурсы идентификации.pdf.

Оказанных услуг

Гербарий может предоставлять услуги по идентификации растений персоналу города Портленда, а также партнерским агентствам и организациям. Эта услуга недоступна для широкой публики или коммерческих организаций. За дополнительной информацией обращайтесь к хранителю гербария Мэнди Ту.

Что такое гербарий? Узнайте об Уэльском национальном гербарии

Сосудистые растения, также иногда известные как «высшие растения», состоят из всех особей, у которых в стеблях есть водопроводящая ткань.Цветы, хвойные деревья, травы, деревья, папоротники, косы, хвощ, травы, суккуленты и т. Д. — это все виды сосудистых растений. Эти виды растений обычно хранятся на архивных гербарных листах, но точный метод подготовки и хранения может зависеть от образца. Растения, которые легко прессуются, помещают на бескислотные гербарные листы с описательной этикеткой для каждого образца.

Кураторы стремятся сохранить все репродуктивные (например, плоды, семена) и вегетативные органы (например, стебли, листья) каждого растения, которые имеют решающее значение для идентификации видов.Любые части растений, на которые трудно надавить, например, клубни, луковицы, мясистые стебли, крупные цветы, шишки, плоды и т. д. обычно сушат и помещают в ящики, а затем сравнивают с прессованным образцом.

К мохообразным относятся печеночники, роголистники и мхи, их иногда называют «низшими растениями», и они представляют собой одни из древнейших организмов на Земле. Мохообразные часто растут близко друг к другу на камнях, почве или деревьях. У этих видов растений нет регулярной водопроводящей ткани (сосудистой системы), поэтому они в значительной степени зависят от окружающей среды, чтобы регулировать уровень воды.В Национальном музее Уэльса мхи, печеночники и роголистники не прижимаются к гербарным листам. Вместо этого образцы сушат на воздухе и помещают в пакеты или коробки для обеспечения их длительного хранения.

Водоросли

Водоросли — это очень разнообразная группа нецветущих водных организмов, которые содержат хлорофилл, поэтому могут фотосинтезировать, чтобы производить для себя энергию. Некоторые из них могут вызывать цветение водорослей в озерах и море, а также образовывать «прудовую пену». Однако водоросли очень важны для Земли, и, по оценкам, они производят 70-80% атмосферного кислорода Земли.Термин «водоросли» охватывает широкий круг организмов, включая морские водоросли, такие как ламинарии, нитчатые виды и микроскопические водоросли, такие как диатомовые водоросли и динофлагелляты. Не все эти группы связаны между собой и могут существовать в самых разных формах! В Уэльсе из красных водорослей (Porphyra) собирают лавровый хлеб, который часто подают как часть валлийского завтрака.

Сбор и сохранение водорослей можно осуществлять несколькими способами; хранение их в жидкости, на предметном стекле микроскопа или в сухом виде с сохранением образца на гербарной бумаге.Какой метод лучше всего, обычно зависит от собираемого вида и его свойств.

Грибки

Грибы — это организмы с очень сложным химическим составом, которые обитают почти во всех средах обитания на Земле. Грибы изучаются микологами и не связаны с растениями, поэтому помещены в свое собственное царство.

Удивительно, но большинство грибов скрыто от нас, многие обитают под землей, соединенные сетью длинных тонких клеток, называемых гифами. Только небольшая часть грибов дает плодовые тела, известные как поганки и грибы.Для гербария лучший способ сохранить плодовые тела грибов — это высушить их на воздухе (сначала нарезать ломтиками, если они большие), а затем хранить в пакетах или коробках. Без грибов не было бы пива, сыра и, возможно, многих растений. Грибы способствуют разложению, делая питательные вещества доступными для растений в почве. Многие деревья имеют симбиотические отношения с грибами, при этом питательные вещества и вода переносятся непосредственно в корни деревьев. Грибы даже помогают растениям общаться друг с другом в почве, используя свои подземные сети.

Лишайники

Лишайники уникальны в систематике растений, потому что они представляют собой организм, состоящий из двух отдельных организмов в симбиотических отношениях. Лишайник состоит из гриба и клетки водоросли или клетки бактерии. Грибковая часть организма извлекает органические углеводы и питательные вещества из окружающей среды, а водорослевая / бактериальная часть организма подвергается фотосинтезу для захвата энергии солнца. Поскольку лишайники трудно извлечь из окружающей среды, обычно они собираются прикрепленными к субстрату (камни, кора, почвенные корки) и хранятся в ящиках.

Как сделать гербарий

Сделать гербарий своими руками — это довольно простой процесс, не требующий большого количества материалов.

Обратите внимание, , что следующие инструкции предназначены для подготовки прессовых растений, таких как папоротники и цветы. Для водорослей, грибов и мхов используются различные методы консервации.

Step # 1: Отправляйтесь в местное поле, в лес или даже в свой сад и поищите интересные образцы для использования. Никогда не собирайте редкие или исчезающие растения и всегда получайте разрешение у землевладельца.Используйте правило 1 из 20 — берите растение только в том случае, если на том же месте есть еще 19 растений. Всегда соблюдайте кодекс поведения Ботанического общества Великобритании и Ирландии.

Step # 2: После того, как вы найдете что-то, что можно добавить в свою коллекцию, сделайте много фотографий для справок в будущем, показывая, где растет растение и какие особенности могут помочь в идентификации. Сделайте заметки о его внешнем виде, который может быть потерян в процессе консервации, например о цвете, форме стебля и общей высоте.Также запишите дату, где было найдено растение, включая карту и место обитания; в тени, в тени деревьев или на склоне?

Шаг № 3: Когда вы будете счастливы, что уловили все детали, аккуратно возьмите несколько черенков растения, чтобы не повредить его без необходимости. Позаботьтесь о выборе частей, которые содержат как можно больше частей растений, например. листья различной формы, стебли, цветы и семена.

Шаг № 4: Используйте толстый мешок или контейнер, чтобы отнести черенки домой.Здесь вы можете начать процесс прессования растений.

Как прессовать растения для гербария

Как только вы вернетесь домой со своими растениями, вы можете начинать их подготовку к прессованию.

Шаг № 1: Создайте самодельный пресс для растений (можно использовать оргалит или фанеру). Положите одну доску на твердую ровную поверхность и положите сверху несколько листов газеты, затем добавьте лист промокательной бумаги.

Шаг № 2: Обрежьте и очистите черенки щеткой.Удалите более крупные мясистые плоды, которые плохо прижимаются.

Шаг № 3: Поместите образец поверх промокательной бумаги. Расположите его так, чтобы перекрытие было как можно меньше, чтобы облегчить процесс сушки, при необходимости удаляя лишние ветки. Если возможно, переверните лист так, чтобы нижняя сторона была хорошо видна на образце гербария после нажатия на него.

Step # 4: Поместите еще один слой промокательной бумаги поверх вашего растения и еще один слой газеты поверх него.

Шаг № 5: Закройте пресс, положив на образец другой кусок ДВП или фанеры. Используйте книги / кирпичи или аналогичные тяжелые предметы, чтобы прижать резак.

Шаг № 6: Вам нужно будет держать растение в прессе от 2 до 21 дня, в зависимости от толщины и типа растения, которое вы выбрали для прессования. Проверяйте растение один раз в день, чтобы следить за прогрессом. Замените газету и промокательную бумагу в прессе, если они влажные.

Как сделать гербарный лист

Когда вы будете довольны тем, что ваш образец высох и отжат, вы можете создавать гербарный лист.

Шаг № 1: Разместите свои растения на карточке. (Главный совет: по возможности используйте консервную или бескислотную карту, она не ломается так быстро, как обычные типы бумаги, а это значит, что ваш гербарий прослужит намного дольше).

Шаг № 2: Прикрепите растение к листам бумаги в стратегических точках с помощью коротких тонких полосок бескислотной карты (см. Изображение). Отрежьте полоски примерно до 2-4 мм ширины, чтобы их было относительно легко разрезать и обрабатывать, но они не покрывали слишком большую часть растения.Нанесите небольшое количество клея на оба конца полоски, чтобы на само растение не попал клей. Затем поместите полоску на стебель или кончик листа и прижмите склеенные концы к листу. (Главный совет: для этого подойдет клей ПВА или используйте ЭВА, стойкую к консервации).

Step # 3: В правом нижнем углу с помощью карандаша или ручки с цветными стойкими чернилами для защиты от выцветания напишите название растения вместе со всей информацией, которую вы записали при его сборе. Не забудьте указать свое имя как коллекционера, если образец отправляется в гербарий, это очень ценная информация.

Вы завершили свой первый гербарный лист.

Как подготовить файл гербария

Повторите описанный выше процесс и на основе вашей коллекции листов гербария создайте гербарий.

Храните образцы в коробках и никогда не переворачивайте их вверх дном, поскольку они могут упасть.

Убедитесь, что вы создали ярлыки для каждого листа и используете информацию, которую вы собрали при сборе растений, чтобы добавить названия и классифицировать каждый образец.

По мере того, как вы пополняете коллекцию, решайте, как ее организовать.

Вы можете расположить их в алфавитном порядке или держать растения, связанные друг с другом, вместе в своих семьях.

Какую бы компоновку вы ни выбрали, убедитесь, что она подходит именно вам, поскольку по мере роста вашей коллекции на перестановку уйдет гораздо больше времени. Представьте себе попытку переставить 750 000 экземпляров в Национальном музее Уэльса!

Дата публикации: 7 июня 2021 г.

Поделиться

Facebook

Твиттер

Google+

Pinterest

образцов растений из гербария (HIB) в Китае, Ботанический сад Ухань, Китайская академия наук

Сожалеем, но GBIF не работает должным образом без включенного JavaScript.

Наш веб-сайт обнаружил, что вы используете устаревший небезопасный браузер, который не позволяет вам использовать этот сайт. Мы предлагаем вам перейти на современный браузер.

Цитата

Описание

Таксономические покрытия

Географическое покрытие

Библиографические ссылки

Контакты

Цзяньцян Ли
создатель
должность: директор
Уханьский ботанический сад Китайской академии наук
Мошань
Ухань
430074
Хубэй
CN
Телефон: 027-87617051
домашняя страница: http: // 202.127.158.14 / hib / cvh_hib_1.htm

Чжэпин сю
автор метаданных
должность: инженер
Институт ботаники Китайской академии наук
№ 20, Наньсиньцунь, Сяншань, район Хайдянь
Пекин
100093
Пекин
CN
Телефон: 86-10-62836847
электронная почта: xuzp @ ibcas.ac.cn

Чжэпин сю
административное контактное лицо
должность: инженер
Институт ботаники Китайской академии наук
No.20, Nanxincun, Xiangshan, Haidian District
Пекин
100093
Пекин
CN
Телефон: 86-10-62836847
электронная почта: [email protected]

Jianqiang Li
административное контактное лицо
должность: директор
Ботанический сад Уханя, Китайская академия наук
Мошань
Ухань
430074
Хубэй
CN
Телефон: 027-87617051
домашняя страница: http: // 202.127.158.14 / hib / cvh_hib_1.htm


Влияет ли климатическая погрешность в выборке на результаты модели? на JSTOR

Абстрактный

Цель: Модели распространения видов и технологии географических информационных систем (ГИС) становятся все более важными инструментами в планировании сохранения и принятии решений. Часто богатые базы данных музеев и гербариев служат первичными данными для прогнозирования распространения видов.Тем не менее, ключевые предположения относительно первичных данных часто не проверяются, и нарушение таких предположений может иметь последствия для прогнозов модели. Например, пользователи первичных данных предполагают, что выборка была случайной по географическому признаку и градиентам окружающей среды. Здесь мы оцениваем предположение о том, что образцы ваучера растений адекватно отбирают климатический градиент, и проверяем, влияет ли нарушение этого предположения на прогнозы модели. Расположение: Боливия и Эквадор. Методы: Используя 323 711 гербарных коллекций с географической привязкой и девять климатических переменных, мы спрогнозировали распределение 76 видов растений с использованием моделей максимальной энтропии (MAXENT) с тренировочными точками, которые случайным образом отбирали климатические среды, и тренировочными точками, которые отражали климатическую погрешность в гербарных коллекциях.Чтобы оценить распределение видов, MAXENT находит распределение максимальной энтропии (т. Е. Наиболее близкое к однородному) при условии, что ожидаемое значение для каждой переменной окружающей среды при предполагаемом распределении соответствует ее эмпирическому среднему значению. План эксперимента включал виды, которые различались по географическому ареалу и высоте; все виды были смоделированы с 20 и 100 тренировочными точками. Мы исследовали влияние количества тренировочных точек и климатической погрешности в тренировочных точках, высоте и размере диапазона на производительность модели, используя анализ моделей дисперсии.Результаты. Мы обнаружили, что значительные части климатического градиента плохо представлены в гербарных коллекциях обеих стран. По большей части существующая климатическая погрешность в коллекциях не сильно повлияла на прогнозы распределения по сравнению с несмещенным набором данных. Хотя влияние смещения климата на точность прогнозов оказалось больше там, где географические диапазоны характеризовались высокими пространственными вариациями степени смещения климата (т. Е. Диапазоны, где смещение различных климатов, отобранных коллекциями, значительно отклонялось от среднего смещения), Наибольшее влияние на производительность модели оказало количество точек присутствия, используемых для обучения модели.Основные выводы: эти результаты демонстрируют, что прогнозы распределения видов могут быть довольно хорошими, несмотря на существующие климатические отклонения в первичных данных, обнаруженных в коллекциях естествознания, если доступно достаточно большое количество обучающих точек. Из-за постоянного завышенного прогноза моделей эти результаты также подтверждают важность проверки моделей с помощью независимых данных или мнения экспертов. Отсутствие независимой проверки модели, особенно в случаях, когда количество обучающих точек ограничено, может потенциально привести к серьезным ошибкам в принятии решений и планировании сохранения.

Информация о журнале

Темы биогеографии, экологии и биоразнообразия приобрели поистине глобальный характер. важность. Признавая это повышенное значение, объем журнала биогеографии и родственных ей публикаций, Global Ecology и Биогеография, разнообразие и распространение, продолжают разрабатываться под руководством доктора Роберта Уиттакера и доктора Дэвида Ричардсона соответственно, действуя в команде с профессором Филипом Стоттом, редактором журнала биогеографии.Все три журнала имеют широкий охват — от «расширенных» глобальное потепление ‘к распространению гадоидных рыб, от разнообразия беспозвоночных в тропических лесах на индивидуалистические реакции видов — так что все могут быть рассмотрены ключевые биогеографические и экологические вопросы современности. Темы включают «что такое естественность?», Дебаты как по философии, так и по методам, последствия фрагментации экосистемы, влияние антропогенных изменений, а также экологическое и экономическое значение биоразнообразия.Все систематические группы также охвачены, от теории к практике, от растений до животных. Журнал биогеографии — важная литература для всех защитников окружающей среды. биогеографы, экологи, биологи, ботаники и зоологи. JSTOR предоставляет цифровой архив печатной версии журнала Journal of Биогеография. Электронная версия журнала биогеографии доступно на http://www.interscience.wiley.com. Авторизованные пользователи могут иметь доступ к полному тексту статей на этом сайте.

Информация об издателе

Wiley — глобальный поставщик контента и решений для рабочих процессов с поддержкой контента в областях научных, технических, медицинских и научных исследований; профессиональное развитие; и образование. Наши основные направления деятельности выпускают научные, технические, медицинские и научные журналы, справочники, книги, услуги баз данных и рекламу; профессиональные книги, продукты по подписке, услуги по сертификации и обучению и онлайн-приложения; образовательный контент и услуги, включая интегрированные онлайн-ресурсы для преподавания и обучения для студентов и аспирантов, а также для учащихся на протяжении всей жизни.Основанная в 1807 году компания John Wiley & Sons, Inc. уже более 200 лет является ценным источником информации и понимания, помогая людям во всем мире удовлетворять свои потребности и реализовывать их чаяния. Wiley опубликовал работы более 450 лауреатов Нобелевской премии во всех категориях: литература, экономика, физиология и медицина, физика, химия и мир. Wiley поддерживает партнерские отношения со многими ведущими мировыми обществами и ежегодно издает более 1500 рецензируемых журналов и более 1500 новых книг в печатном виде и в Интернете, а также базы данных, основные справочные материалы и лабораторные протоколы по предметам STMS.Благодаря постоянно растущему предложению открытого доступа, Wiley стремится к максимально широкому распространению и доступу к публикуемому нами контенту, а также поддерживает все устойчивые модели доступа. Наша онлайн-платформа, Wiley Online Library (wileyonlinelibrary.com), является одной из самых обширных в мире междисциплинарных коллекций онлайн-ресурсов, охватывающих жизнь, здоровье, социальные и физические науки и гуманитарные науки.